Идеи науки и философии, согласно Декарту, должны быть объединены в единую систему. Их единство мыслитель уподобляет мощному древу, корни которого - метафизика, ствол - физика а ветви - механика, медицина, этика (философская дисциплина, изучающая мораль, нравственные нормы поведения человека, живущего в коллективе). Метафизика (или первая философия) есть фундамент систематического познания; этикой оно увенчивается. Таков общий архитектонический (то есть закономерный) проект здания науки и философии, предложенный Декартом. Как именно он выполняется, какова логика развития мысли, последовательность главных шагов анализа и исследования? В "Метафизических размышлениях" представлены шесть главных исследовательских шагов картезианства. Первый шаг - обоснование необходимости универсального сомнения. Второй шаг (второе размышление) - это практическое осуществление процедур сомнения; нахождение несомненного первопринципа философии; обретение отчётливого понятия о душе (духе) в её отличии от тела; осмысление сущности Я, сущности человека. Третий шаг - (онтологическое) доказательство существования Бога. Шаг четвертый - освещение проблемы истины и заблуждения, обоснование принципов ясного и отчётливого познания. Пятый и шестой шаги - "выведение" материальных вещей, постижение их сущности; вопрос о существовании материальных вещей и о различии души и тела человека. Далее перед нами предстанут лишь главные из этих конструкций причудливого здания единой философии Декарта.
Конкретной работе по его возведению предшествуют, как это было и в учении Бэкона, расчистка самой "строительной площадки" для работы ума и обновление "фундамента" науки и философии. Сначала надлежит привести в действие процедуры сомнения, а затем сформулировать и использовать позитивные правила метода, "правила для руководства ума", что также выпадает на долю философии, в особенности её учения о познании и научном методе. Сомнение, следовательно, выдвигается на первый план.
Истоки и задачи методического сомнения, обоснованного Декартом, таковы. Все знания, в том числе и те, относительно истинности которых имеется давнее и прочное согласие (что в особенности относится к математическим истинам) подлежат проверке сомнением. Причём теологические суждения о Боге и религии не составляют исключения. Согласно Декарту, надо - по крайней мере временно - оставить в стороне суждения о тех предметах и целокупностях, в существовании которых хотя бы кто-то на земле может сомневаться, прибегая к тем или иным рациональным доводам и основаниям. Но следует особо отметить, что метод сомнения, методический скепсис не должен, однако, перерастать в скептическую философию. Напротив, Декарт желает положить предел философскому скептицизму, который в XVI-XVII вв. как бы обрел новое дыхание.
