Вначале в состав регистрационного управления входило два отдела: агентурный (разведывательный) и военного контроля (контрразведывательный). В самом конце января 1919 года революционный военный совет республики, в связи с увеличением специфических задач, дополнил штаты регистрационного управления Полевого штаба созданием Морского агентурного отделения, сосредоточившего в своем ведении морскую агентурную разведку вооруженных сил республики. К сведению, 29 января 1999 года разведка военно-морского флота Российской Федерации, не афишируя, но торжественно отметила свое 80-летие.
В феврале 1919 года при регистрационном управлении был организован уже Морской разведывательный отдел (2-й, морской агентурный разведывательный отдел), а на местах соответственно морские разведывательные отделения.
В марте-апреле 1919 года регистрационное управление подверглось существенной реорганизации в соответствии с требованиями VIII съезда Российской Коммунистической партии (большевиков) — РКП(б) [она же: с 1898 года — Российская социал-демократическая рабочая партия, РСДРП, с 1917 до 1918 года — Российская социал-демократическая рабочая партия (большевиков), РСДРП(б), с 1925 года — всесоюзная Коммунистическая партия (большевиков), ВКП(б), с 1952 года — Коммунистическая партия Советского Союза, (КПСС). Согласно новому штату оно стало включать отделы сухопутной и морской агентурной разведки, а также военно-цензурный отдел. В то же время отдел военного контроля (контрразведка) был выведен из состава регистрационного управления и подчинен Управлению делами революционного военного совета республики и всеРоссийской чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией и саботажем (ВЧК).
Ввиду близкого окончания войны и постепенного перехода к миру начальник Полевого штаба РВСР 16 февраля 1920 года дал указание начальнику регистрационного управления «организовать агентурную разведку в широком масштабе», выходя за рамки сопредельных с советской Россией стран. Необходимо было начать сбор сведений о политическом, экономическом и военном состоянии таких государств, оказывающих или способных оказать в будущем влияние на внешнюю политику пограничных с Россией стран. В первую очередь сбор разведывательной информации должен был охватить следующие страны: Францию, Великобританию, Германию, Италию, Швецию, Китай, Соединенные Штаты Америки, Балканские страны, государства Ближнего востока. Кроме этого, особое внимание, как отмечалось в Указании, следовало уделить выяснению состояния вооруженных сил тех государств, вооруженное столкновение с которыми в данный период было наиболее вероятно. К таким в начале 1920 года относились: Польша, Финляндия, Латвия, Эстония, Литва, Румыния, Турция, Азербайджан, Армения, Персия (Иран), Афганистан и Япония.
