РОН подчинялась непосредственно разведывательному отделу штаба Краснознаменного Балтийского флота. Костяк роты составили специалисты-водолазы ЭПРОНа и легко-водолазы из Первой особой бригады морской пехоты. Дальнейшее комплектование проводилось из числа добровольцев через Первый Балтийский флотский экипаж. Большая текучесть кадров роты в период ее доукомплектования объясняется тем, что большинство предварительно отобранных добровольцев не имели опыта подводных работ и по состоянию здоровья не смогли пройти весьма строгую медицинскую комиссию на годность к водолазной службе. Как говорят сохранившиеся документы, только за период с 31 июля по 25 августа 1941 года было выявлено непригодными к службе легко-водолаза-разведчика около ста человек.
По замыслу командования Рота особого назначения была организована главным образом для обеспечения деятельности агентурной разведки и подготовки легководолазов-разведчиков для оперативных разведывательных групп разведотдела флота, однако из-за сложившейся обстановки была вынуждена выполнять и несвойственные ей задачи.
Первоначально перед РОН была поставлена задача в течение одного месяца подготовиться к проведению специальных операций с умением форсирования рубежей под водой с глубинами до двадцати метров и протяженностью не менее тысячи метров. За этот же срок личный состав должен был освоить различное стрелковое оружие и гранаты, приемы рукопашного боя, изучить военную топографию и овладеть основами использования подрывных средств. Для физической подготовки моряков были выделены лучшие спортсмены и тренеры Ленинграда. Несмотря на протесты специалистов, сроки обучения подводных разведдиверсантов увеличить не удалось, более того, 7 сентября подготовка роты при ЭПРОН была внезапно прервана.
Столь поспешное сворачивание подготовки разведдиверсантов РОН было вызвано важными причинами. Обстановка была более чем напряженной. 8 сентября 1941 года нацисты овладели Шлиссельбургом (Петрокрепость), отрезав Ленинград с суши. Началась трагическая и героическая оборона блокадного Ленинграда. Наступление нацистов продолжалось, сил для обороны не хватало. и сохранить отряд, как вспоминал Прохватилов, было непросто:
— один в телефонную трубку требует: «Немедля построить бойцов и форсированным ходом отправить на пополнение в стрелковый полк. За неисполнение — расстрел». А кто он, этот крикун, — я не вижу. Флотским звоню. А оттуда голос еще грозней: «Не сметь! сохранить водолазов для флота!» и тоже расстрелом грозится. Потом звонок, из третьего места. Всем мои хлопцы нужны. Вижу, так и так расстрела не избежать, вызываю связиста и по секрету приказываю: оборвать телефонные провода и сделать вид, что не можете найти обрыв. Только такой хитростью и удалось сохранить отряд.
