Последним погребением в истории кремлевского храма стало захоронение императора Петра II (напротив северо-восточного столпа). Со времени переноса столицы в Петербург русских императоров стали хоронить в усыпальнице Петропавловского собора, и первым был сам Петр Великий. Единственным исключением стал юный Петр II, приехавший в Москву на свою свадьбу в 1730 г. и внезапно скончавшийся от оспы накануне венчания. По словам современников, перед смертью в бреду он закричал: «Запрягайте сани! Хочу ехать к сестре!» Если учесть, что его сестра Наталья уже полтора года была в ином мире, то эти слова приобретают поистине мистический смысл.
Одними из главных святынь Архангельского собора являются мощи царевича Дмитрия и мощи Черниговских чудотворцев – князя Михаила и боярина его Федора, принявших мученическую смерть в Орде в 1246 году за отказ пройти через священный огонь и поклониться языческим идолам. Останки мучеников после их зверского убийства были доставлены сначала во Владимир, а затем в Чернигов. По велению Ивана Грозного мощи черниговских мучеников, как одну из самых древних российских реликвий, перенесли из Чернигова в Москву, в Кремль, и положили в построенный для них у Тайницких ворот Черниговский храм. Позже, в 1774 году, мощи были перенесены в Архангельский собор.
При перенесении мощей из старого собора мощи боярина Федора таинственным образом пропали. По повелению Екатерины Великой для святых мощей была сделана богатая, чеканная рака из чистого серебра. Наблюдать за исполнением работ поручили архитектору В. И. Баженову, который представил и рисунки барельефа. Первый рисунок представлял, как воины Батыя ведут князя Михаила через огонь, чтобы он поклонился идолам. На втором рисунке за князем следует его боярин Федор, и оба они от поклонения идолам отвращаются; на третьем изображено, как отступник-христианин отрубает благоверному князю голову; на четвертом – тела святых брошены на съедение псам, а над телами изображен сходящий с небес огненный столп. В 1812 году эту драгоценную ризу похитили французы. Позже ее заменили новой из посеребренной бронзы.
Рака с мощами царевича Дмитрия, погибшего в Угличе в 1591 году в возрасте неполных восьми лет, находится в центральном нефе у юго-восточного столпа собора. Она заключает деревянный гроб царевича, в котором его нетленные мощи были доставлены из Углича в Москву в 1606 году. Возле раки установлена икона, изображающая царевича в меру роста при его внезапной и странной кончине. Над погребением возведена белокаменная резная сень. Снизу установлена бронзовая литая ажурная решетка: в стилизованные виноградные лозы вплетены фигурки единорогов, которые по христианской мифологии символизируют чистоту и невинность.
