Пирогов является основоположником учения о медицинской сортировке. Он утверждал, что сортировка раненых по срочности оказания, объему хирургической помощи и по показаниям к эвакуации является главным средством предупреждения «сумятицы и неразберихи» в медицинских учреждениях. Для этого он считал необходимым иметь в медицинских учреждениях, предназначенных для приема раненых и больных и оказания им квалифицированной помощи, сортировочное и операционно-перевязочное подразделения, а также подразделение для легко раненных, а на путях эвакуации – сортировочные госпитали.
Огромное значение не только для военно-полевой хирургии, но и для клинической медицины в целом имели работы Пирогова, посвященные проблемам иммобилизации и шока, В 1847 году на Кавказском театре военных действий он впервые в военно-полевой практике использовал неподвижную крахмальную повязку при сложных переломах конечностей. В период Крымской войны он также впервые (1845) наложил в полевых условиях гипсовую повязку. Николай Пирогов подробно охарактеризовал патогенез, изложил методы профилактики и лечения шока; описанная им клиническая картина шока является классической и продолжает упоминаться в учебниках по хирургии. Он описал также сотрясение мозга, газовый отек тканей, выделил «раневую чахотку» как особую форму патологии, известную в настоящее время как раневое истощение.
Важной заслугой Пирогова в области медицинского образования является открытие госпитальных клиник для студентов 5-го курса. Он первым обосновал необходимость создания таких клиник и сформулировал задачи, стоящие перед ними. В 1841 году в Петербургской медико-хирургической академии начала действовать медико-хирургическая клиника, а в 1842 году – первая госпитальная терапевтическая. В 1846-м госпитальные клиники открылись в Московском, Казанском, Киевском и Дерптском университетах с одновременным введением 5-го курса обучения для студентов медицинских факультетов. Так была проведена реформа высшего медицинского образования, способствующая улучшению подготовки врачей.
Николай Иванович Пирогов добивался распространения знаний среди народа, был сторонником конкурсов, предоставляющих место более способным и знающим претендентам. Он отстаивал равные права на образование для всех национальностей, больших и малых, и всех сословий, стремился к осуществлению всеобщего начального образования и был организатором воскресных школ в Киеве. В оценке достоинств руководителя кафедры он отдавал предпочтение научным, а не педагогическим способностям и был глубоко убежден в том, что науку двигает метод.
