Всех слоев развалин в месте, где копал Шлиманн, было девять, соответственно 9 поселениям, стоявшим там в различные эпохи. Второй город, считая снизу, носил следы большого пожара, и Шлиманн поспешил отожествить это поселение с Троей Гомера. Позднейшие, более внимательные наблюдения (сотрудника Шлиманна, Дерпфельда, и др.) признают за город той эпохи, которая изображена у Гомера, шестой по счету (т. е. 4-ый сверху). Стремительно углубляясь в землю, Шлиманн не только проглядел следы этого города, но и многое в нем безвозвратно разрушил кирками своих рабочих. Мечтатель-миллионер, действительно, нашел Илион, но прошел мимо него; в самом деле, открыл нечто значительное, даже поразительное, но истолковал его совершенно неверно. Подлинная Приамова Троя, которую Шлиманн пренебрежительно обошел, была изучена уже впоследствии. Памятники же, им открытые и отожествленные с различными свидетельствами Гомера, получили позднее иное толкование, которое придало им новое, быть может, гораздо более важное значение, нежели ожидал Шлиманн.
Когда историки ближе всмотрелись в результаты раскопок, произведенных Шлиманном и его сотрудниками, стало несомненно, что новооткрытые памятники не только не стоят в полном соответствии с данными Гомера, но во многом расходятся с ними и прямо им противоречат. Одно из расхождений было особенно разительно. Из «Илиады» и «Одиссеи» хорошо известны погребальные обычаи эпохи: умершего сожигали на костре из благовонных дерев и потом на месте костра насыпали курган. Раскопки Шлиманна обнаружили, напротив, роскошные усыпальницы, подобие египетских пирамид; покойника хоронили в земле или склепе, бальзамируя тело, на лицо возлагая золотую маску. Между тем, обряд погребения всегда, у всех народов, остается неизменным в течение весьма долгого времени: такие обычаи видоизменяются лишь веками. Помимо того, раскопки свидетельствовали о жизни гораздо более сложной, нежели быт героев Гомера: о более высокой технике в обработке металлов, о сношениях с заморскими странами, в частности с Египтом, о высшей ступени, достигнутой искусством, о более обширных научных познаниях, например, в математике, о несомненном употреблении письмен, не упоминаемых Гомером (кроме одного глухого намека о «гибельных знаках»). Чем больше накоплялось фактов[8], относящихся к культуре, впервые открытой Шлиманном, тем становилось неоспоримее, что она решительно отлична от Гомеровой и вообще раннеэллинской.
