В январе 1942 года Эйхман присутствовал на межведомственном совещании, участники которого обсуждали план уничтожения евреев. Совещание проходило в Ванзее, одном из предместий Берлина. Сам Эйхман, однако, политику уничтожения не определял; он лишь проводил ее в жизнь. Он был одним из тех нацистских убийц, что обычно работали за письменным столом, хотя часто выезжал и на места. В своих воспоминаниях он описывает инцидент, произошедший под Минском. По его словам, он увидел там женщину с младенцем на руках и попытался вырвать его из рук матери, чтобы спасти ему жизнь, но кто-то выстрелил в ребенка и убил. Мозг ребенка растекся по кожаному пальто Эйхмана, и водитель помог ему его очистить. Некоторые называли Эйхмана одним из двух Адольфов, учинивших Холокост.
Еврейские лидеры следили за деятельностью Эйхмана. Через три месяца после начала войны Бен-Гурион записал в дневнике, что, по сообщению одного из руководителей сионистского движения в Чехословакии, после прибытия Эйхмана в Прагу положение евреев там резко ухудшилось. При этом Бен-Гурион отметил, что Эйхман напрямую подчиняется шефу гестапо Генриху Гиммлеру. Это было неточно, но из сказанного видно, что, по мнению Бен-Гуриона, Эйхман принадлежал к самой верхушке нацистского режима.
К апрелю 1944 года Эйхман стал человеком практически всемогущим, и по его инициативе начались переговоры, которые должны были решить не только судьбу евреев Венгрии, но, возможно, даже предопределить результаты войны. Он предложил главам еврейской общины Будапешта (среди которых был, в частности, Режё Кастнер) спасти жизнь миллиона евреев в обмен на разного рода товары, включая несколько тысяч грузовиков. По словам Кастнера, «Эйхиш» (как он его назвал) сказал ему, что евреев отправляют на смерть в Освенцим, но он готов этот процесс остановить, и с помощью связного данная информация была передана на Запад. Однако в результате этой сделки спаслось не более двух тысяч человек.
История эта, получившая название «кровь в обмен на грузовики», рассказывалась неоднократно и сильно повлияла на формирование образа Эйхмана как одного из людей, ответственных за Холокост. «Он – главный виновник истребления миллионов евреев Европы», – писала одна из издававшихся в Палестине еврейских газет вскоре после войны.
Перед самым концом войны агентство «Сохнут», выполнявшее тогда функцию временного правительства, начало собирать информацию о нацистских преступниках – в том числе на основании рассказов беженцев из Европы, которым удалось добраться до Палестины, – и в июне 1945 года, наряду с сотнями других военных преступников, была заполнена карточка на Эйхмана. В списке «Сохнута» Эйхман оказался самым высокопоставленным из разыскиваемых нацистов, но информация о нем была весьма фрагментарной и отчасти ошибочной. Например, в карточке была записана только его фамилия, тогда как имя отсутствовало, и утверждалось, что он якобы родился неподалеку от Тель-Авива в немецком поселке Шарона, что не соответствовало действительности. Тем не менее в карточке отмечалось, что он – один из виновников истребления евреев.
