По содержанию и стилю "Каталог гор и морей" распадается на две резко отличные друг от друга части: первую, называемую в литературе "Каталог гор", или "Каталог Пяти сокровенных [гор]" ("Шань цзин", или "У цзан цзин" — первые 5 цзюаней), и вторую — "Каталог морей" ("Хай цзин" — 13 остальных цзюаней). Основным содержанием первой части, составляющей по объему примерно две трети всего памятника, является описание континентального Китая (подробнее об ареале будет сказано ниже) с элементами зоогеографии, ботанической географии, народной медицины, народных верований и мифологии. Во второй части — в виде лапидарных перечней и отдельных фрагментов — даются сведения о землях и народах, которые, согласно цинь-ханьской синоцентрической концепции, находились на окраинных землях и за пределами обитаемого мира. Эти сведения — по большей части мифологического характера — содержат фрагменты мифов о предках, героях и их генеалогии.
В первой части памятника материал расположен по принципу ориентации пространства по пяти кардинальным точкам, соответственно в нее входят пять каталогов — "Каталог Южных гор", "Каталог Западных гор", "Каталог Северных гор", "Каталог Восточных гор", "Каталог Центральных гор". Как уже говорилось, каждый каталог в свою очередь включает в себя несколько книг (количество их неодинаково по отдельным цзюаням).
"Каталог морей" состоит из 13 каталогов-цзюаней, подразделяемых на самостоятельные части: Каталоги Заморья (VI-IX цзюани), Каталоги Земель внутри морей (X-XIII цзюани), Каталоги Великих пустынь (XIV-XVII цзюани), последнюю часть представляет "Каталог Земель внутри морей" (XVIII цзюань). Материал "Каталога морей", в отличие от "Каталога гор", ориентирован по четырем странам света, что отражено в названиях цзюаней — "Каталог Заморья Юга", "Каталог Заморья Запада", "Каталог Заморья Севера", "Каталог Заморья Востока". Этот же принцип и порядок расположения по странам света сохраняется и в каталогах Земель внутри морей. В каталогах Великих пустынь порядок перечисления иной: сначала идет "Каталог Великих пустынь Востока", затем "Каталог Великих пустынь Юга", "Каталог Великих пустынь Запада" и, наконец, "Каталог Великих пустынь Севера". Отличие в последовательности стран света некоторые ученые связывают с возможностью принадлежности каталогов Великих пустынь к другой местной традиции. Небольшой по объему последний каталог не расчленяется на отдельные части и считается зависимым от X-XIII цзюаней — сборником надписей под утраченными иллюстрациями к ним. Действительно, материал этого последнего свитка в значительной мере дублирует каталоги Земель внутри морей (X-XIII цзюани), но причины этого могут быть и другие (о них речь пойдет ниже).
