Мохенджо-Даро занимал площадь 2,5 кв. км., а его население, как полагают некоторые ученые, могло исчисляться в 35 тыс. человек (иногда приводится и более крупная цифра — до 100 тыс. человек).
Судя по раскопкам, городские центры имели сходную систему планирования: крупные юрода состояли из двух главных частей — цитадели с западной стороны, где, очевидно, располагались городские власти, и так называемого нижнего юрода, где были сосредоточены основные жилые постройки. Жилая часть города обычно имела форму прямоугольника. Цитадель строилась на высокой кирпичной платформе, возвышаясь над остальным городом. Она должна была защитить и от наводнений, которые были страшным бедствием для городов долины Инда. Общение между двумя частями было, очевидно, ограничено. Например, в Калибангане при раскопках были обнаружены лишь два входа, связывающие цитадель с «нижним городом». В случае необходимости эти входы могли, по-видимому, закрываться и тем самым отгораживать городские власти от простых жителей. У края цитадели в Хараште проходила особая прецессионная дорога, по которой двигались войска, а также различные процессии. Цитадель была хорошо укреплена мощными стеками и башнями. Раскопки в Калибангане вскрыли массивную кирпичную стену цитадели. Внутри нее располагались постройки религиозного и, очевидно, административного характера. В цитадели Мохенджо-Даро находился огромный бассейн (ширина 7 м, длина 12 м, глубина почти 2,5 м), который, возможно, был частью религиозного комплекса и служил для специальных ритуальных омовений. С помощью особой системы в бассейн ил колодца постоянно поступала свежая вода. Археологи открыли ступени, ведущие, как полагают, на второй этаж сооружения. Недалеко от бассейна находились общественные амбары для хранения зерна и своего рода зал для собраний (или рынок, по мнению (некоторых ученых), имевший несколько рядов каменных оснований для колонн (колонны были, очевидно, деревянными и поэтому не сохранились).
Общественные амбары были обнаружены и в Хараппе, к северу от самой цитадели, близ реки. Наличие специальных каменных платформ рядом с амбарами указывает на то, что здесь проходила молотьба зерна: в щелях пола археолога: нашли колоски пшеницы и ячменя. Вероятно, зерно на лодках доставляли сюда по реке, а затем помещали в амбары.
По строгому плану строилась и жилые кварталы, составляющие «нижний город». Здесь имелись главные улицы, ширина которых в Мохенджо-Даро доходила до 10 м. Они пересекались под прямым углом с более мелкими улочками, иногда столь узкими, что даже повозки не всегда могли по ним двигаться.
