Среди ученых ведутся большие споры о причине упадка хараппских центров. В течение долгого времени наиболее популярной была точка зрения, согласно которой непосредственной причиной падения хараппских центров и заката всей цивилизации было вторжение арийских племен. Однако новые исследования показали, что ряд городов пришел в упадок еще до появления каких-либо иноземных племен, в результате внутренних причин. Ученые связывали это с засолением почв, наводнениями, наступлением Раджутанской пустыни, изменением русла реки Инд и т. д.
Экспедиция гидрологов, работавшая в (районе Мохенджо-Да-ро, пришла к выводу, что недалеко от этого города в древности находился центр тектонического толчка, что привело к гибели города. Другие исследователи утверждают, что главной причиной разрушения Мохенджо-Даро были наводнения. Город несколько раз заливало водой, и в конце концов население вынуждено было его покинуть, уйти в другие области. Возможно, что и ряд других городов пострадал из-за наводнений. Недавно появилась еще одна точка зрения о причине заката Мохенджо-Даро: изменение русла Инда повлекло за собой сильнейшую засуху, что истощило город и позволило пришельцам легко захватить его.
Все эти высказывания касаются конкретных поселений и городов, но не объясняют, почему примерно в XIX–XVIII вв. до н. э. Хараппская цивилизация в целом переживает период заката. Не исключено, что крупные сдвиги в хараппском обществе были связаны с определенной варваризацией культуры. наступившей в связи с резким расширением ее границ и включением отсталых по уровню развития областей. Этот вопрос требует дальнейшего изучения, но и сейчас ясно, что имению внутренние явления послужили главной причиной заката Хараппской цивилизации и упадка ее центров.
Показательно, что упадок прослеживается и в провинциальных областях, например на Катхиаврском полуострове. В Лот-хале первые признаки упадка появляются уже в XIX в., а в XVIII–XVII вв. нарушаются связи этого крупного порта с главными центрами на Инде, переживавшими в это время внутренний кризис. После так называемого хараппского периода на Катхиаварском полуострове наступает новый, послехараппский период, в течение которого некоторым образом видоизменяется местная культура, причем не наблюдается какого-либо перерыва в со развитии. Судя по раскопкам, упадок хараппской культуры здесь никак не был связан с пришельцами в отличие от долины Инда, где последний период в жизни некоторых городов действительно совпал с проникновением в эти районы чужеземных племен. Показательно, что в Хараппе в поздний период население активно строило систему городских укреплений для защиты от вторжения иноземных племен. О столкновении кителей с пришлыми племенами свидетельствуют следы пожарищ на этих городищах и находки человеческих костяков прямо на улицах — очевидно, убитые в схватке с противником.
