После ареста Буачидзе подвергался жесточайшим избиениям. Это подтвердил в суде бывший начальник тюрьмы № 1 НКВД Грузинской ССР, в которой содержался Буачидзе, В.Н. Окрошидзе.
В деле Буачидзе имеются два протокола его допросов, один из которых от 4 августа 1937 г. им не подписан.
На первом допросе, как это следует из содержания протокола, Буачидзе признал, что он выступал против выдвижения кандидатуры Берии в секретари ЦК КП/б/ Грузии, считая, «что если Берия придёт к руководству партийной организацией, партийными органами будут руководить чекистскими методами». И далее: «Конкретно мы не обсуждали, в чём должны заключаться чекистские методы руководства, но представляли себе этот метод как излишнюю жестокость в руководстве».
Приходится лишь удивляться, как более шестидесяти лет тому назад отдельные члены партии (увы, только отдельные) чётко представляли себе, что чекистские методы руководства партией, её организациями ни к чему хорошему не приведут. Так оно и получилось. Чекистские методы в руководстве СССР доминировали практически на всех этапах существования страны.
Второй протокол допроса Буачидзе от 4 августа 1937 г. им не был подписан. В этом протоколе значится, что Буачидзе признал себя виновным в причастности к контрреволюционной террористической организации.
Следствие по делу Буачидзе не было закончено, поскольку после допроса 4 августа 1937 г. он умер спустя два дня, 6 августа, в тюремной больнице. Буачидзе фактически убили после того, как он отказался оклеветать себя. Подлинник свидетельства о его смерти не был не обнаружен, а в копии этого документа указано, что причиной явился «паралич сердца».
13 июня 1954 г. военное прокуратурой Закавказского военного округа дело по обвинению Буачидзе было прекращено за отсутствием в его действиях состава преступления.
Допрошенный в суде свидетель И.Г. Курели, работавший в 1937–1944 гг. врачом больницы внутренней тюрьмы НКВД Грузинской ССР, показал, что он оказывал медицинскую помощь жестоко избитому комдиву Буачидзе, который через несколько дней умер.
Курели опроверг утверждение бывшего начальника названной тюрьмы Надараи об отсутствии в ней «горячих» и «холодных» камер. В больницу на излечение поступало значительное число сильно избитых и истощенных арестованных, в том числе с сыпью на теле, что являлось следствием содержания их именно в «горячих» камерах. Случалось, что в результате длительного содержания в них арестованные умирали от паралича сердца. Трупы умершие, как правило, не вскрывали, а если и делали это, то в актах не назывались истинные причины смерти арестованных.
