Наполеон посетил университет и осмотрел кафедры основных наук, преподававшихся в этом знаменитом университете. Затем он занялся реорганизацией гражданской администрации, полностью разрушенной вследствие бегства основных чиновников и утрате всех книг и реестров, принадлежавших городским архивам. Потом, следуя французскому образцу, он разделил захваченные провинции на префектуры, назначил инспекторов, сборщиков, полицейских комиссаров и, кроме того, интендантов, контролирующих и ускоряющих процесс сбора многочисленных налогов. Но больше всего ему хотелось побудить литовцев к образованию новых полков. Он предлагал вооружить всех крестьян, желавших восстать против своих господ, и стремился вызвать гражданскую войну между дворянством и народом, как это было в начале нашей революции.
Эти реформы, безусловно, вызвали некоторое оживление в том городе, где распоряжался Император, но по стране в целом, они не принесли желаемых результатов. Наполеон, однако, продолжал приглашать литовцев для сотрудничества и старался казаться простым, обычным человеком. О театре, о религии, войне и искусстве он говорил одинаково гладко и не делал разницы между слушателями. В любое время суток его можно было встретить верхом на лошади, а после того, как суперинтендант заканчивал возведение какого-либо нового моста или укрепления, он тотчас появлялся в его кабинете, что создавало впечатление, что он с одинаковой легкостью может решать и политические, и финансовые вопросы. Частенько, накануне важного сражения его можно было увидеть играющим в мяч, или на концерте.
Комиссия, организованная для общего управления Литвой, состояла сначала из пяти человек, но по мере возрастания числа сторонников, Наполеон увеличивал их количество. В первый день своей работы эта комиссия обнародовала три прокламации. В первой, обращенной к народу, провозглашалось учреждение временного правительства Литвы и указывалось, что народ должен быть благодарен тому, кто избавил Польшу от ее угнетателей. Вторая обращалась к духовенству и призывала его поддерживать чувство национального патриотизма, молиться и испрашивать в горячих молитвах милости Божьей. В третьей, адресованной литовцам, находящимся на службе России, содержалось следующее:
«Поляки!
Вы служите под русскими знаменами. Эта служба была вам разрешена, пока у вас не было родины. Но теперь все изменилось. Польша воскресла. Вы должны бороться за ее полное восстановление и заставить русских признать ваши права, силой и несправедливостью отнятые у вас. Генеральная конфедерация Польши и Литвы призывает поляков покинуть русскую службу. Польские генералы, офицеры, солдаты! Прислушайтесь к голосу вашего отечества. Покиньте знамена ваших угнетателей, спешите все к нам, чтобы стать под орлом Ягеллонов, Казимиров и Собеских! Этого требует ваша страна, честь и вера».
