Первые подземные разработки известняка находились под территорией современного Люксембургского сада. Затем, около 1200 года, они продвинулись до нынешней больницы Валь-де-Грас, улиц Гобелен, Сен-Жак, Вожирар, Сен-Жермен-де-Пре. Из взятого оттуда камня строились Лувр, Сен-Шапель и собор Парижской Богоматери.
Параллельно катакомбам разрасталось и парижское кладбище Невинно убиенных, основанное еще до прихода римлян. К концу XVI столетия древнее кладбище было переполнено. Чтобы освободить место для новых захоронений, древние останки беспрестанно эксгумировали и складывали в склепы-галереи на краю кладбища. Улицы торговых и жилых кварталов, окружающих кладбище, славились ужасным зловонием, воздух застаивался даже зимой, а летом можно было подхватить болезнь во время обычной прогулки по улице Сен-Дени. Поэтому в 1786 году в катакомбы перенесли останки с кладбища, которому к тому времени было около 1000 лет.
По просьбе жителей окрестных домов Парижский парламент с 1737 года в течение нескольких десятилетий расследовал дело об этом кладбище, находившемся в близком соседстве с «Чревом Парижа» — Центральным рынком. В XVIII столетии в этом месте ежегодно хоронили не больше двух с половиной тысяч покойников — менее десятой части от общего числа умерших. Однако за восемь предшествующих веков там скопились останки более двух миллионов жителей из 22 окрестных приходов, поэтому уровень земли на кладбище был на 2,5 метра выше, чем на соседних улицах. Именно туда в свое время парижане свезли почти 2000 жертв Варфоломеевской ночи. Последний могильщик кладбища Невинно убиенных Франсуа Путрэн за 35 лет работы закопал в эту землю 90 тысяч трупов. Индивидуальных могил здесь было совсем немного — большинство покойников попадали в общие ямы шестиметровой глубины. Они заполнялись постепенно и вмещали 1200-1500 трупов.
Кладбище Невинно убиенных в центре Парижа (довольно небольшая территория на правом берегу Сены) долгое время было неотъемлемой частью жизни города. Изначально это был римский некрополь, устроенный, согласно имперской традиции, у дороги, ведущей в город. Париж рос, втягивая кладбище в свои пределы, и в конце концов оно оказалось в центре средневекового города. Один из парижских мифов XVI века утверждал, что земля кладбища Невинно убиенных обладает чудодейственными силами. Она так сильна, что «съедает труп» — всего за несколько дней от тела остаются лишь кости. Но и ей не удалось справиться с огромным количеством захоронений.
