В ходе военных столкновений Сигиберт начал выигрывать. Но Фредегонда позаботилась о том, чтобы двое убийц, пройдя через австразийский лагерь, добились приема у Сигиберта и закололи его смазанными ядом кинжалами. После этого Брунгильда была захвачена в плен и содержалась в Руане.
Имеются сведения, что Фредегонда также инициировала многочисленные другие смерти. К примеру, сын Хильперика от Авдоверы, Меровиг, был умерщвлен по приказанию короля и Фредегонды, так как влюбился в Брунгильду и женился на ней. Сама Брунгильда вернулась в свое королевство. Погибла в монастыре и сосланная королева Авдовера.
В 580 году один за другим умерли (видимо, от эпидемии) два сына Фредегонды и наследником престола остался последний сын Хильперика от Авдоверы — Хлодвиг. Чтобы убрать и его, Фредегонда обвинила Хлодвига в причастности к колдовству, из-за которого умерли ее дети; колдуньей якобы была мать его наложницы. Женщину сожгли на костре (одно из первых известных сожжений «ведьм»), а принц был выслан и вскоре убит.
Незадолго после этого Фредегонда снова родила сына. Когда через три года он умер, в его смерти были заподозрены префект Муммол и несколько женщин, действовавших «под влиянием дьявола». Муммол был подвергнут пытке и сознался, что получил от колдуньи мазь и напитки с целью сохранить милость короля и королевы. За это преступление он был сослан в Бордо, женщины же признали свою вину, назвали себя колдуньями и были колесованы и сожжены.
Это был самый громкий колдовской процесс эпохи Меровингов. Кстати, смерть Хильперика также связывают с кознями Фредегонды, которая унаследовала трон и отстаивала права своего сына Хлотаря II, который занял престол в возрасте 4 месяцев. Для защиты престола она вызвала на помощь брата мужа — короля Гунтрамна. Последний прибыл в Париж, удостоверился в законнорожденности Хлотаря, признал его своим племянником и королем Нейстрии и взял мальчика под свою опеку.
После смерти Гунтрамна Фредегонда сосредоточила фактическую власть в своих руках. Она лично участвовала в сражениях, покоряя всех своими военными хитростями, которые помогали ей отражать нашествие австразийцев. В частности, она посылала убийц к королю Хильдеберту, сыну Брунгильды, — правда, безуспешно. Но средневековый анонимный хронист пересказывает интересную историю победы королевы франков Фредегонды над королем Хильдебертом. Якобы войско королевы зажгло фонари и среди ночи выступило против врага. Воины Фредегонды, шедшие впереди, несли в руках ветви деревьев. На шеях их коней были колокольчики (чтобы коней приняли за коровье стадо). Часовые Хильдеберта решили, что накануне многовато выпили, так как это место казалось им раньше равниной. Войско королевы незамеченным подошло к лагерю неприятеля и устроило там резню.
