О джихаде снова широко возвестил полководец, мулла Алимкул, который после уведомления в 1864 году о том, что его войска окружили значительные силы русских у Ак-Булака к северо-востоку от Ташкента, отдал своим подчиненным приказ в принятой у мусульман манере: «…вступить с ними [русскими] в переговоры… Если они примут ислам и раскаются в своих действиях, то к ним следует проявить доброту и оставить целыми и невредимыми. В противном случае я сам приду… со всеми своими войсками и артиллерией и обращу их в пыль и пепел силой своего меча».
В результате столкновения был убит или ранен каждый пятый солдат, прежде чем русский отряд сумел вырваться из окружения.
Таким образом, к окончанию спора между Кокандом и Россией перед захватом Ташкента раздор принял характер священной войны. Он принял форму мелких столкновений и нескольких крупных сражений, в которых, однако, религиозные соображения играли не главную роль. В самом начале, в IX веке, противоборство происходило в виде грабительских рейдов, затевавшихся с русской территории славянами или скандинавами с восточного побережья Каспийского моря. Часто на стороне русских в битвах участвовали хазары, булгары или половцы (куманы).
Аналогичным образом тюркские кочевники равнин составляли мощную силу армий хана Батыя, вторгшегося на территорию Руси между 1237 и 1240 годами. А к концу XIV века русские снова оказались вовлеченными в битвы, когда Тимур (Тамерлан) (пр. 1370–1405) и его воины сокрушили Золотую Орду с ее славянскими отрядами. Эти сражения имели место в Северном Хорезме и Южной Руси. После падения Золотой Орды и образования отдельных ханств военное противостояние Русского государства и Средней Азии хотя и продолжалось, но в меньшем объеме. Это происходило до тех пор, пока их отношения не приняли новый оборот, когда русская южная граница, сократившаяся под давлением кочевников в XI и XII веках, продвинулась далеко на юг.
Предтечей экспансии на юг стали казацкие поселения, которые подготовили почву для прямых военных действий против Средней Азии с форпостов в районе реки Яик (Урал). Из этой пограничной зоны совершались кровавые набеги. Атаман Нечай Старенский с яицкими казаками в ходе внезапного нашествия 1603 года проникли в центр Хивинского ханства, где захватили и разграбили столицу Ургенч, но затем их окружил Араб Мухаммад-хан I (пр. 1602–1621). После кровопролитного сражения казаки сумели вырваться и вернуться домой с захваченными женщинами и трофеями. Имеются сведения, что в том же веке казаки дважды подвергались истреблению, когда пытались совершить такие же набеги.
