Такие новые «подданные», как Кенесары Касымов, отказавшиеся склониться перед российской властью, были признаны «мятежниками». Мятежи, естественно, следовало подавлять, и государственные чиновники поступали соответствующим образом, привлекая армию. Отношение казахов к русским радикально менялось. Многие кочевники на практике убеждались, что договоры, заключенные предками или соплеменниками, не воспринимались как обязывающие. Даже те казахи, которые чтили прежние соглашения с Москвой или Санкт-Петербургом, являвшиеся гарантией их целостности, не без оснований считали, что русские нарушали эти соглашения, посягая на новые территории и усиливая вмешательство во внутренние дела кочевников.
В результате всего этого ширилось сопротивление азиатов, прежде более или менее дружественных России. В этой напряженной ситуации правители России и дипломаты упрямо держались мнения, что казахов все еще связывают с царем узы XVIII века. Между тем это убеждение почти утратило под собой почву, поскольку торговые караваны продолжали подвергаться нападениям, русских опять брали в плен, и целые кочевые роды демонстрировали свою независимость, перемещаясь за пределы отведенных для них пастбищ. Развязка неминуемой трагедии случилась скорее на поле брани в казахской степи, чем в посольствах, как это ожидалось.
В условиях царской бюрократической системы дела, связанные со Средним казахским жузом, административно перешли в 1821 году из юрисдикции МИДа России в ведение западносибирской Омской губернии. Букеевская орда, в свою очередь, была передана в 1838 году под контроль Министерства госимущества. Значительную часть Среднего жуза подчинили в 1854 году центральным властям, затем в 1859 году Младший жуз вошел в сферу ответственности МВД, а в 1863 году Старший казахский жуз перешел из-под опеки МИДа под контроль западносибирского военного командования. Наконец, казахи, проживавшие по берегам Сырдарьи, попали в 1864 году под юрисдикцию военного ведомства.
Некоторые киргизские роды с приближением русских войск к Иссык-Кулю в 1840 году стали просить покровительства, которое в ряде случаев было обещано в обмен на принятие русского правления. Эта практика продолжалась в отношении беззащитных родов, в то время как русские укрепленные линии продвигались все дальше в 1850-х и 1860-х годах. К 1864 году русская крепость встала на берегах озера Иссык-Куль, и представители киргизов Тянь-Шанского горного массива ратифицировали соглашения о верности царю.
