К середине 1864 года Коканду удалось, хотя и запоздало, изменить характер боев с русскими войсками, приобретя орудия лучшего качества и освоив применение фугасных снарядов. Большой отряд кокандцев в июле 1864 года окружил в Ак-Булаке подразделение русских, двигавшихся в Чимкент, и отступивший русский командир вывел свои войска благодаря лживому обещанию сдать город Туркестан Коканду. Он сообщал: «После полудня кокандцы установили на возвышенности три орудия, и первый снаряд, достигший нашего лагеря, произвел ошеломляющее впечатление. Он взорвался, и каждый понял, что мы имели дело с противником, какого армия еще не встречала на Сырдарье». Это был тот самый бой, который побудил муллу Алимкула выдвинуть процитированное ранее требование, что русские должны принять ислам или умереть.
Вскоре будущий генерал М. Г. Черняев, наступая в восточном секторе русского фронта, попытался захватить Чимкент, но также встретил упорное сопротивление его защитников и сильных подкреплений во главе с неуступчивым муллой Алимкулом. Наконец, Чимкент пал 22 сентября 1864 года.
Воодушевленный успехом, Черняев быстро двинулся на Ташкент, который русские считали главным пунктом в Средней Азии. Как и в случаях с Акмешитом и Чимкентом, первая попытка сорвалась. Войска Черняева были отброшены с большими потерями, и он отступил к Чимкенту. Но весной 1865 года произошло событие, которое предрешило конечный исход борьбы. 9 мая был убит во время решающего сражения мулла Алимкул, все еще командовавший войсками Коканда и бывший регентом кокандского трона. Хотя последовавший 7 июня 1865 года штурм русскими Ташкента был отбит, кокандцы без воодушевляющего командования, видимо, утратили в большой степени свою боеспособность.
Распространенная местная легенда о битве за Ташкент приписывает гибель муллы Алимкула не действиям противника, но предательству некоторых его сторонников. Этой версии верят не только потому, что в то время Ташкент отличался ожесточенным соперничеством между кокандцами, бухарцами и примиренцами, но и потому, что влиятельные жители Ташкента, недовольные правлением Коканда, сдали врагу город, насчитывавший 60–80 тыс. населения. Абдуррахман-бек, правитель восточного района Ташкента, и Мухаммад Саатбай, богатый торговец, в критический момент передавали в 1864 и 1865 годах генералу Черняеву информацию относительно обстановки и обороны города.
Сторонники ориентации на Россию сыграли определенную роль в достижении сравнительно быстрого захвата Ташкента. Особенно во время штурма, когда царские войска овладели стеной города, Мухаммад Саатбай и его сторонники призвали ташкентцев прекратить сопротивление и способствовали сдаче города.
