К вечеру 1 сентября стало известно, что бухарцы отступают через северные ворота к Ситораи Мохи-хоса (дворцу эмира). На следующий день в 5:30 войска перешли в наступление. Противник почти не оказывал сопротивления. К 10 часам 10-м полком полком был занят последний оплот эмира – Акр. Здесь был взят в плен председатель совета министров Кушбеш – визирь Ушман-Бек. Большая часть разбитой армии эмира разбежалась по кишлакам, бросая на пути оружие и снаряжение. Поддерживавшие эмира отряды керкинских туркмен, потерпев поражение, отступили в район Бассага (50 км юго-восточнее Керки); там их численность определилась до 2000 человек, причем вооруженных было до 600 при двух пулеметах{4}.
Сам эмир ушел еще 31 августа. Он бежал к Гиждувану, откуда, пересекши железную дорогу, взял курс на Восточную Бухару. Его сопровождало 300-400 конников{5} или, по другим сведениям, свыше 1000 солдат. Остальная часть эмирского войска уже на второй-третий день после поражения постепенно стала группами рассеиваться по кишлакам и занялась грабежами населения. Кроме того, эмира сопровождал афганский конвой, в числе которого были командир афганской бригады Абдул Шукур-хан и бывший афганский представитель в Ташкенте Мухамед Аслон Миршкор{6}. Конвой этот насчитывал 100-150 чел.{7}
Со взятием Бухары война не кончилась, но тем не менее, прошел пик военной кампании. Хотя распространено представление об армии эмира как «опереточной», видно, что это мнение нуждается в небольшой поправке. Хотя армия эмира действительно не проявила высоких боевых качеств, все же она довольно долго защищалась в сильной крепости под огнем артиллерии и авиации. Это показало, что двухлетняя подготовка армии не прошла зря. Многие наблюдатели также отмечали хорошую боевую работу афганских стрелков и артиллеристов. Об ожесточенности боев говорит и то, что еще 31 августа командующий 1-й армией Зиновьев на вопрос Фрунзе, можно ли к завтра взять город, отвечал, что «во всяком случае, завтра к вечеру можно надеяться достигнуть центра города...»{8}.
Преследуя ушедшего в сторону Карши эмира, части 1-й туркестанской кавдивизии на перевале Тахта-Карача приняли бой с арьергардом противника, который после столкновения в беспорядке бежал. Вслед за этим, после непродолжительного боя с бекскими ополчениями, красные заняли Китаб и Шахризябс. Эмир был вынужден уйти в сторону Гузара. 10 сентября 1920 г. он уже был в Байсуне, где сосредоточил более 5.000 ополченцев гузарского и каршинского бекств. 2-й туркестанский кавполк, разбив бухарцев, занял Гузар, продолжая преследование противника
