Мюнхенская Пинакотека складывалась в весьма удачное время, когда немецкая живопись переживала расцвет. Один из баварских курфюрстов, Максимилиан I, правивший в 1597–1651, целенаправленно собирал работы мастеров немецкого Возрождения. Так в коллекции появился огромный диптих Альбрехта Дюрера «Четыре апостола» — шедевр, когда-то принесенный художником в дар родному Нюрнбергу и украшавший городскую ратушу. Приобрел правитель и замечательный дюреровский «Алтарь Паумгартнеров», и картины Питера Пауля Рубенса. Один из Виттельсбахов, Макс Эммануил, был столь неудержим в тратах на произведения искусства, что наделал долгов, которые долго не могли оплатить. Зато, став наместником Южных Нидерландов, он купил полотна, некогда находившиеся в коллекции Рубенса, и среди них множество работ фламандских мастеров. Произошло это в конце XVII века, когда в резиденциях баварских курфюрстов насчитывалось уже несколько тысяч произведений искусства, в том числе множество живописных полотен.
Наконец в 1780-х курфюрст Карл Теодор построил при своем дворце специальное здание галереи, разместив там картины в хронологическом порядке. Галерея, открытая для посетителей, естественно, приближенных ко двору, не могла вместить всех работ, так как собрание постоянно пополнялось. В начале XIX века в связи с законом о секуляризации церковного имущества курфюрсты стали обладателями живописных алтарей кисти Ганса Гольбейна Старшего, Матиаса Грюневальда, Михаэля Пахера, чей «Алтарь Отцов Церкви» является одним из наиболее значительных произведений Пинакотеки. В те же годы к ним присоединили собрание картин из Дюссельдорфа, в котором были, например, «Святое семейство» Рафаэля и цикл картин Рембрандта Харменса ван Рейна на сюжеты Страстей Христовых.
Наибольшую активность по формированию коллекции развернул баварский король Людвиг I, правивший в 1825–1848. Он много общался с художниками, прислушивался к их советам и помогал Академии художеств. Стремясь расширить баварское собрание, властитель покупал картины так, чтобы живопись в соответствующих разделах была представлена во всей полноте. Так, Людвиг приобрел работы итальянских художников — «Мадонну Темпи» Рафаэля, «Оплакивание Христа» Сандро Боттичелли и многие другие, произведения кельнских мастеров живописи, например Стефана Лохнера, а также картины нидерландской школы, среди которых были «Алтарь Колумбы» Рогира ван дер Вейдена, «Семь радостей Марии» Ганса Мемлинга, «Жемчужина Брабанта» Дирка Боутса Старшего.
