Эвакуация из района Сфакиона на южном берегу Крита прошла с меньшими потерями. В течение ночи
29 мая четыре крейсера, быстроходный транспорт и три эсминца приняли 7000 человек и вышли в море. Из этих кораблей повреждение получил только один крейсер. Тем временем английские войска в районе Ретимнона капитулировали. В ночь на 30 мая из района Сфакиона было эвакуировано еще 4000 человек, при этом англичане потеряли еще один крейсер.
Всего английские корабли эвакуировали с Крита 17000 человек, потеряв при этом три крейсера и шесть эсминцев; один авианосец, три линейных корабля, шесть крейсеров и семь эсминцев были повреждены; людские потери составили более 2000 убитыми и ранеными. Несмотря на то что общие потери англичан составили около 13000 убитыми и ранеными, их упорное и длительное сопротивление стоило немцам 400 самолетов и 15000-20000 солдат и офицеров, включая 5000 из дивизии воздушно-десантных войск. Оборона англичанами Крита фактически спасла Мальту, ибо после упорных боев на Крите у немцев уже не оставалось воздушно-десантных войск, которые они могли бы использовать для вторжения на Мальту.
Однако после действий в районе Крита состояние Средиземноморского флота было далеко не блестящим. Несмотря на прибытие в начале мая пополнения в составе линейного корабля, двух крейсеров и шести новых эсминцев, к началу июня в строю были лишь два линейных корабля, три крейсера и 17 эсминцев. Английской линии снабжения Александрия - Мальта угрожали теперь с северного фланга немецкие силы, базирующиеся на Крит. Недостаточное обеспечение Мальты постепенно ослабляло оборону этого острова и базы, в то время как немецко-итальянские коммуникации в Северную Африку становились все более безопасными.
В это же время на Среднем Востоке возникла новая угроза восточному флангу английской армии в Египте и линии снабжения флота топливом. В начале апреля профашистски настроенный Рашид Али установил свой контроль над правительством Ирака. 18 апреля английские военно-морские силы под руководством командующего ВМС в Индии поддержали высадку войск в Басре, в результате чего Рашид Али бежал в Иран. В августе по взаимной договоренности английские и русские войска вошли на территорию Ирана с целью предупредить захват этой страны немцами.
В Сирии активность проявляли немецкие агенты, поддерживаемые настроенным против англичан провишистским французским колониальным правительством. В распоряжении французов здесь имелись небольшие силы флота, состоявшие из двух лидеров эсминцев, вооруженных 140-мм орудиями и способных развивать скорость хода до 40 узлов; трех подводных лодок, шлюпа и сторожевого корабля. Для противодействия этим силам из состава Средиземноморского флота выделили и послали в Хайфу (Палестина) два крейсера и четыре эсминца. В начале июня с быстроходного десантного транспорта при поддержке крейсера и двух эсминцев в Сирии высадились английские войска, в то время как другие английские войска и войска "Свободной Франции" начали наступление из Палестины. Через три дня было подписано соглашение о перемирии. Однако, прежде чем окончить боевые действия на море, один из французских лидеров эсминцев нанес тяжелое повреждение английскому эсминцу, а французский самолет серьезно повредил два других миноносца. Усиленные двумя крейсерами, английские корабли и морская авиация потопили лидер эсминцев, доставлявший оружие французским силам в Сирии, и нанесли повреждение уже находившимся там двум другим. Кроме того, они потопили подводную лодку и два транспорта противника.
