По возвращении в Россию князь представил императору проект реорганизации управления морским ведомством. После этого царь назначил его начальником Главного морского штаба и членом кабинета министров. Во время Русско-турецкой войны 1828–1829 гг. Меншиков успешно руководил действиями Черноморского флота. В 1828 г. флот под его командованием обложил и вскоре взял Анапу. Затем была блокирована Варна на противоположном берегу Черного моря. Однако Меншиков был ранен пушечным ядром в обе ноги и был вынужден покинуть театр военных действий.
С 1830 г. Меншиков стал также членом Государственного совета, ас 1831 г. занял и должность генерал-губернатора Финляндии.
Человек умный, блестяще образованный, честный (особенно поражало современников то, что он не брал взяток и не разворовывал казны), Меншиков отличался остроумием. Его шутки, устные рассказы пользовались большой популярностью, их любил слушать Николай 1. Однако князь был крайним циником, ни к чему не относился серьезно. Не будучи специалистом ни в одной области, он без всяких колебаний брался за все дела, которые поручал ему император. В результате его деятельность очень часто заканчивалась полным провалом. Именно этим завершилась его миссия в Стамбул в 1853 г. Назначенный вскоре командующим сухопутными и морскими силами в Крыму, он действовал крайне неудачно. 15 февраля 1855г. он был отстранен от командования. С декабря 1855 по апрель 1856 г. Меншиков являлся губернатором Кронштадта, затем был отправлен в отставку.
Говоря о неудаче миссии А.С. Меншикова в Константинополе, следует иметь в виду, что он ехал туда вовсе не с намерением завершить дело миром Николай I, очевидно, уже принял решение о войне с Турцией.
Посольство Меншикова потребовало от султана восстановления прав православия в Палестине, отставки министра иностранных дел Фуад-паши, настроенного весьма профранцузски, и подписания международного акта, фиксирующего право России на покровительство единоверцам и обязательство султана уважать права православной церкви. Турции предлагалось заключить с Россией антифранцузский союз.
Ведя переговоры с турками и французами, Меншиков фактически имел дело с английским послом Ч. Стрэтфордом. В Константинополе Стрэтфорда именовали вторым султаном. Турецкие дипломаты действовали строго по инструкциям англичанина. Посол посоветовал султану принять два первых требования, но не соглашаться с выполнением третьего: никаких обязательства России Турция давать не хотела Все послы западных держав поддержали турок. Поняв, что попал в западню, Меншиков стал формулировать требование во все более мягкой форме. Но все было напрасно. В мае 1853 г. русское посольство покинуло столицу Османской империи. Произошел разрыв дипломатических отношений между двумя странами.
