Война ассассинов против суннитов привела к осложнению отношений с большинством шиитов. Хотя шииты-двунадесятники, естественно, склонялись к антитюркским, антисуннитским настроениям, особенно в первые годы активности исмаилитов, но исмаилитское вероисповедание было, с их точки зрения, ересью. Кроме того, низаритская тактика политических убийств часто вызывала ответные жестокости со стороны суннитов, включая массовые избиения подозреваемых в исмаилизме и сочувствующих им лиц. Таким образом, зачастую вся шиитская община без разбора подвергалась суннитским гонениям, направленным против низаритов. Эти избиения поначалу вызывали сочувствие к жертвам у ненизаритского крыла исмаилитов и у шиитов-двунадесятников. Однако со временем их позиция изменилась, и они стали обвинять в возникновении беспорядков именно ассассинов. В конечном итоге большинство шиитов превратилось в таких же ярых противников ассассинов, как и сунниты. Среди шиитов-двунадесятников всё больше возрастает объём литературы, направленной против низаритов.
Таинственность и закрытость низаритов дала повод обвинять их в таких преступлениях, какие только мог выдумать обвинитель. Подобно современным городским легендам о сатанистах и политических экстремистах, ассассины превратились в воплощение тёмной стороны ислама. Их обвиняли в приёме наркотиков и сексуальных оргиях. Вождям ассассинов приписывали безграничные способности к подчинению чужого сознания, а их зомбированных учеников считали либо слишком тупыми, либо слишком хорошо обработанными, либо слишком сильно накачанными наркотиками, чтобы сопротивляться жестокой и харизматичной власти вождей. Про низаритских руководителей говорили, что они не соблюдают никаких законов, кроме своих собственных, и что они не брезгают никакими, даже самыми мерзкими приёмами, вроде колдовства, чтобы сбить с пути свою паству. Сунниты утверждали, что низариты замышляют подорвать исламский закон изнутри и возродить древнюю языческую религию Персии — дуалистическое учение зороастризма. «Страшные сказки» X века о преступном богохульстве, направленные против ранних исмаилитов, теперь были возрождены применительно к низаритам, а их распространение достигло своего наивысшего пика в аламутский период низаризма.
В 1108 году был убит Абу-л-Махасин Руйяни, знаменитый суннитский наставник, пылко и страстно обличавший низаритов. По его словам, низариты настолько отдалились от ислама, что их следует убивать как неверных, несмотря на традиционную суннитскую терпимость ко всем, кто произносил символ веры, шахаду: «Нет бога кроме Бога, и Мухаммед Пророк Его». Возмущение против низаритов продолжало нарастать на протяжении тех полутора столетий, что они обладали политическим могуществом. Только после полного их уничтожения в качестве политической силы, низариты снова, хотя и очень неохотно, были признаны мусульманами. Маршалл Ходжсон пишет, что исмаилиты-низариты оказались настолько неприемлемыми для веротерпимости суннитского общества, что определили будущий характер мусульманской веры, «проложив путь относительной нетерпимости ислама к возможным отклонениям»
