В глазах сельджуков угроза, исходящая от ассассинов, приняла весьма значительные размеры, и терпеть её больше было нельзя. Например, низаритские вожди в Кухистане и Исфахане начали собирать налоги с жителей этих областей, формально принадлежащих сельджукской империи. Исмаилитские агенты проникли в армию и окружение Баркиярука. Офицеры, отказывавшиеся идти на сотрудничество с низаритами, были вынуждены всегда носить при себе оружие, чтобы отразить возможное нападение. К 1101 году прежние соперники — Баркиярук и Санджар — решили объединить свои усилия против ассассинов в Кухистане и Исфахане, а также против лиц, занимающих важные посты внутри самой сельджукской системы управления и подозреваемых в тайном пособничестве исмаилитам. В Кухистан была послана отлично снаряжённая армия. После первых успехов эмир, возглавлявший войска Санджара, получил взятку и ушёл из области. Через три года против ассассинов был предпринят очередной поход; он также увенчался успехом, но в итоге низариты заключили мир на очень благоприятных для них условиях. Баркиярука обвиняли в нерешительности. Чтобы снять с себя эти обвинения, он приказал устроить избиение исмаилитов в Исфахане, за которым последовали такие же избиения в других городах Ирака.
Порядок в сельджукской империи был восстановлен в 1105 году, когда Баркияруку наследовал Мухаммед Тапар, правивший как единственной законный сельджукский султан до самой своей смерти в 1118 году. Он начал широкомасштабную кампанию против низаритов на всей территории Персии, лично возглавив поход на Шахдиз в 1107 году. Когда Мухаммед Тапар напал на Шахдиз, Ахмад ибн Атташ храбро сопротивлялся, но пал жертвой предательства. Жена Ахмада надела все свои драгоценности и прыгнула с крепостной стены. Самого Ахмада провели по улицам Исфахана, а затем с него живьём содрали кожу. После этого её набили соломой и отослали в Багдад, вместе с головой Ахмада и головой его сына.
Второй сельджукский поход против ассассинов имел своей целью Аламут. Войско возглавил сын Низама ал-Мулка, Ахмад, унаследовавший от отца должность визиря. Брат Ахмада также пал под ударами низаритских кинжалов в прошлом, 1106 году. Ахмад поставил Аламут в крайне тяжёлое положение, усугубившееся голодом. Однако, несмотря на всю свою ненависть, Ахмад потерпел поражение и был вынужден снять осаду.
Два года спустя третьим сельджукским походом на Аламут руководил Ануштегин Ширгир, который решил, что прямая атака на крепость не приведёт к желаемым результатам. Он начал опустошать в области Аламута поля, чтобы уморить обитателей голодом. Именно в ходе этих военных действий Хасан и многие его последователи отослали своих жён и дочерей из Аламута. Ширгир осаждал замок до 1118 года, когда к нему поступили сведения о том, что оборона и защитники крепости находятся на последней грани истощения. Тогда он решил послать войска на приступ. Однако в этот момент, когда ассассины стояли на краю гибели, пришло известие о смерти Мухаммеда Тапара, и Ширгир отступил.
