.
Ал-Хаким умер или исчез в 1021 году. Ему наследовал его сын аз-Захир (1021–1036). Во время своего недолгого халифата аз-Захир позволил византийцам отстроить церковь Святого Гроба Господня. Его преемником стал семилетний сын ал-Мустансир, который правил около 60 лет, до 1094 года. На короткое время при Мустансире Фатимиды захватили номинальную власть над Аббасидами и тем самым над всем исламом. Начиная с 1057 года мятежный тюркский полководец ал-Бусасири искал союза с Мустансиром против сельджуков и Аббасидов. Получив от Мустансира существенную помощь деньгами и оружием, в 1058 году ал-Бусасири взял Багдад. Он немедленно ввёл шиитский призыв на молитву и приказал называть имя ал-Мустансира во время пятничной проповеди — хутбы, — тем самым признавая его духовным вождём ислама. Тем не менее вскоре он навлёк на себя неудовольствие Мустансира, отказавшись доставить Аббасидского халифа в Египет и удерживая его в заточении в Багдаде. В 1059 году ал-Бусасири был разбит и убит тюрками-сельджуками.
Упадок Фатимидов
При Мустансире непрерывное состояние войны привело к ряду экономических кризисов и усилило положение военных в гражданском правительстве. В 1062 году близ Каира между различными недовольными военными группировками произошло открытое столкновение. Тюркский военачальник Насир ад-Давла захватил власть в Египте. Это был злобный и порочный тиран. Несчастья страны усугубились голодом и экономическим ухудшением между 1065 и 1072 годами. Сам халиф фактически превратился в пленника, а его войска разграбили его же дворец. Насир ад-Давла был убит в 1073 году.
В 1074 году ал-Мустансир обратился за помощью против своих мятежных войск к Бадру ал-Джамали, курдскому военачальнику, управлявшему Акрой. Бадр действовал без промедления. Его войска подавили тюркский мятеж и восстановили порядок. Бадр стал подлинным правителем Египта. До сих пор в соответствии с традицией халиф управлял тремя основными функциями государства: гражданским правительством; религиозной жизнью и миссионерской деятельностью; военным командованием. Теперь все три ветви подчинялись Бадру. Должность главнокомандующего стала наследственной и впоследствии перешла к сыну и внуку Бадра. Фатимидский халиф, подобно своему сопернику, халифу Аббасидскому, был лишён реальной власти и превратился в марионетку. Настоящая власть была сосредоточена в руках военных, которым постоянно угрожало наступление сельджукской армии.
