Двоюродный брат Османа, Муавия, правитель Сирии, отказался признать Али халифом и в 657 году объявил ему войну, выставляя в качестве предлога желание отомстить за смерть Османа. Войска Али уже почти одержали победу, когда воины Муавии подняли на копьях страницы Корана, показывая, что они хотят не битвы, а выяснения истины. Воины Али отказались продолжать битву. В последовавших переговорах представители Али поддались на уловку Муавии. Было решено назначить новые выборы халифа и объявить, что Али готов сложить свои полномочия, чтобы провести выборы. Сторонники Муавии воспользовались этой возможностью, чтобы провозгласить Муавию халифом ввиду отречения Али. Ислам оказался расколот на халифаты Муавии и Али. В 661 году Али был убит в Ираке, где он устроил свою столицу. После смерти его значение только возросло. Он считается мучеником и уступает святостью в глазах шиитов только Пророку.
Халифат Омейядов и убийство внука Пророка
Наследником Али стал его распутный сын Хасан, отрёкшийся от престола в пользу Муавии за крупную сумму денег. (Хасан был убит одной из своих жён в 669 году.) Муавия сделал своей столицей Дамаск и положил начало династии Омейядов, правившей мусульманами на протяжении ста лет. Муавия ввёл обычай проклинать Али с кафедры во время пятничной молитвы, который стал первым примером проявления официальной антишиитской политики со стороны суннитов.
Хусейн, младший сын Али и Фатимы, получил предложение стать во главе шиитов. Он ответил, что до смерти Муавии связан условиями, заключёнными при отречении его брата. В 680 году Муавия умер, передав власть своему сыну Йезиду. Вскоре после этого Хусейн предъявил свои права на халифат в качестве законного преемника Али. В 680 году Йезид с четырёхтысячным войском напал на Хусейна и небольшую группу его приближённых у Кербелы. В бою погибли и Хусейн, и все семьдесят человек его свиты. Его тело было предано поруганию. Убийцы пощадили только женщин и детей. Среди чудесным образом спасшихся от истребления был и сын Хусейна, Али. Мальчик лежал больным в шатре несколько в стороне от остальной группы.
Гибель Хусейна считается решающим событием, породившим шиизм в качестве особого учения и вероисповедания. Убийство внука Пророка властвующим политическим вождём ислама вызвало волну ярости, негодования и сомнения в своих силах по всему мусульманскому миру. Последователи Хусейна были в особенности подавлены своей неспособностью оказать ему действенную помощь и предотвратить его смерть. В шиизм проникли могущественные религиозные чувства искупления, самопожертвования и мученичества. Инсценировки мученической смерти Хусейна разыгрываются по сей день. В них участвуют и массы флагеллантов, вызывающие удивление у западных телезрителей. Кербела до сих пор считается Святым городом шиизма.
