После мусульманского завоевания Александрии, Антиохии и Иерусалима патриархи этих областей были смещены или изгнаны. Таким образом, Константинопольский патриарх стал истинным главой восточной Церкви, как римский папа — общепризнанным главой западной. С распространением арабской агрессии в VIII веке военные проблемы, приковавшие к себе внимание Римского императора в Константинополе, не давали ему с прежним упорством и успехом защищать свои западные владения. Хотя официально и традиционно Рим состоял под политическим контролем Византийского императора, папа искал покровительства у франкских правителей, быстро набирающих силу и могущество. Отражением окончательного политического единения Рима и франкского государства стало образование Священной Римской империи в 800 году.
Пропасть между восточной и западной Церквями продолжала углубляться. Главный символ христианства, крест, имел свои отличия в обеих Церквях: греческий крест был равноконечным, а римский повторял традиционную форму распятия. Церковные одеяния и ритуальные украшения также расходились у западных и восточных христиан. Греки возносили молитвы стоя, а римляне преклоняли колени. Греческие священники могли жениться, а римское духовенство соблюдало обет безбрачия. Политические разногласия ещё больше усиливали напряжение между Церквями. Выход из-под власти Византийского императора и переход под эгиду Франкских королей возмутил восточного патриарха. Конфликт достиг высшей точки после того, как папа короновал Карла Великого на престол Священной Римской империи в 800 году. В 863 году папа отлучил от Церкви патриарха. В 867 году патриарх отлучил от Церкви папу. Однако смерть обоих соперников на время приостановила дальнейшее разгорание противостояния.
В 1054 году произошёл окончательный раскол. Патриарх Михаил Кируларий был честолюбив. Он заключал военные союзы и привлёк к себе народные симпатии. Он закрыл в Константинополе церкви, следовавшие римскому обряду, отлучил тех священников, которые продолжали соблюдать римские обычаи, и выступил с резкой критикой некоторых римских теологических воззрений. Папа Лев IX потребовал от патриарха подчиниться Риму и послал в Константинополь своих легатов. 16 июля 1054 года была обнародована булла, анафематствовавшая Константинопольского патриарха. Христианство раскололось на две части.
В 1057 году византийский военачальник Исаак Комнин сел на императорский трон. В 1081 году престол перешёл к его племяннику Алексею Комнину. Алексей оказался в очень сложной военной ситуации, которую ещё более усугубил захват Иерусалима тюрками в 1076 году. Тюркские войска двинулись на Константинополь. В 1095 году во время Пьяченцского собора Алексей обратился к христианам Западной Европы с просьбой о помощи. Он предложил объединить восточную и западную Церкви в обмен на западную помощь против мусульман, тем самым дав первый толчок к крестовым походам.
