Одна из самых серьёзных угроз существованию христианства родилась в 242 году н. э., когда персидский мистик Мани из Ктесифона провозгласил себя мессией. Он разделил мир на добро и зло, свет и тьму, назвав землю царством тьмы под управлением Сатаны. Единственная надежда на спасение для человека заключается в суровой аскезе, благодаря которой он будет в состоянии сбросить оковы злых сил со своей души и вознестись в царство света. После тридцати лет проповедования Мани был распят персидскими властями по наущению магов, представителей ведущей персидской религии, а затем его тело превратили в чучело, набив изнутри соломой. Мученическая смерть Мани только вдохнула новые силы в его последователей, и манихейство стало быстро распространяться.
По мере укрепления Христианской церкви она стала превращаться из общины верующих, выбиравших себе священников, дьяконов и служителей, в более сложный и иерархически устроенный организм. Во II веке для упорядочения религиозной сферы был создан институт церковных соборов и синодов. К III веку присутствовать на них дозволялось только епископам, а их суждения определяли решение всех религиозных и организационных вопросов. Религиозная ревность, присущая годам становления всякой религии, привела к появлению множества вариантов Писания и составлению апокрифических откровений. Стандартизация Библии явилась одной из самых важных задач II века. Несовместимые с христианским учением элементы мистицизма были умело удалены из канона. За этим последовало наделение епископов исключительным правом рукополагать священников. Ещё более настоятельно требовало разъяснения понятие греха. К концу II века в общее употребление вошёл обряд мессы, напоминавший ритуал причастия в языческих мистериальных культах. Именно в это время стандартную форму получили таинства крещения, причащения, конфирмации, покаяния, обряды бракосочетания, соборования и рукоположения в священники.
Отцы Церкви II и III веков, подобно Игнатию Антиохийскому, Тертуллиану Карфагенскому, а также Клименту и Оригену Александрийским, создали из доктринальной философии христианства прекрасно развитую теологическую систему, которая привлекла в ряды христиан множество обращённых из образованных слоёв общества. Новая религия развивалась поразительно быстрыми темпами. По подсчётам историка Нормана Кантора, к концу III века в Римской империи было 15 миллионов христиан, то есть одна четверть от всего населения государства
