«Против Апиона» была не первой апологией евреев. По всей видимости, Филон написал даже не одно сочинение, специально посвященное этой теме. Однако Иосиф нигде о работах своего предшественника не упоминает, также как и о других доступных эллински образованному читателю сочинениях, в которых не преследовались исключительно апологетические цели, но проповедовались преимущества образа жизни евреев и их культа (еврейская часть Сивиллиных книг, «Послание Аристея», «Нравоучительная поэма» Фокиллида и другие).
Таким образом, «Против Апиона» — древнейшая сохранившаяся апология евреев. Сам жанр по необходимости отчетливо обнаруживает позицию автора, который открыто выступил на стороне своего народа и не сделал никаких уступок ни грекам, ни римлянам (если не считать в некоторых случаях уважительный тон по отношению к последним), ни тем более египтянам. Главная мысль проведена неуклонно и даже резко — еврейский народ изначально самобытен, его закон по всем основополагающим статьям превосходит все остальные законодательства, его понятие Единого Бога единственно верно. Это определило стройность и прямолинейность плана.
I книга
1. Вступление.
2–5. Критика греческой исторической традиции.
6–8. Еврейская историческая традиция.
9—10. Достоверность и принципы изложения истории автора.
11–13. Первоначальный итог. Необходимость обращения к негреческим источникам.
14–16. Свидетельство Манефона и подсчет времени.
17–21. Финикийские источники (Дий, Менандр Эфесский). Беросс. Подсчет времени.
22–23. Греческие свидетельства (Гермшш, Феофраст, Геродот, Хирил, Клеарх, Гекатей, Агатархид и др.).
24–35. Разоблачение клеветы об изгнании евреев из Египта (Манефон, Херемон, Лисимах).
II книга
1—13. Против Апиона.
14–32. Об иудейском законе и образе жизни в сравнении с другими народами.
33–38. Иудейское понятие о божестве в сравнении с эллинским. О соблюдении собственных законов евреями и эллинами.
39–41. Выводы о преимуществе иудейского закона. Итог всего сочинения.
О воздействии, оказанном сочинением Иосифа на современное ему положение дел, ничего не известно. Несомненно, автор тем самым во многом оправдался от возможной вины перед своим народом. Ему удалось с неопровержимой логикой ввести еврейский народ в контекст обозримой истории, и даже более того: в «Против Апиона» им предпринята одна из первоначальных попыток извне убедить просвещенное язычество в его заданном кризисе через противопоставление монотеистической религии евреев политеизму эллинского мира. Неслучайно развернутая тема понятий о божестве звучит как итог рассуждения о преимуществе иудейского закона. Иосиф говорил при этом по-гречески и адаптировал своеобычное иудейское содержание к языку, понятному просвещенным язычникам (напр., употребление слова filosofia, неологизм qeokratia и др.) В том же положении находились и раннехристианские апологеты, с сочинениями которых «Против Апиона» местами почти дословно созвучно.
