И когда началась борьба в степях Крыма, Филипп Сергеевич стал буквально «бомбардировать» наркома флота просьбами усилить главную базу. На что Николай Герасимович чаще отвечал раздраженным отказом: «Да куда уж более!»
И в самом деле — флот полностью прикрыт огромным количеством советских войск на севере Крыма, 9-м Особым стрелковым корпусом под командованием генерал-лейтенанта П. И. Батова, а сам Севастополь — силами Отдельной Приморской армии (командующий генерал-майор И. Е. Петров, член ВС бригадный комиссар М. Г. Кузнецов); а Керченский полуостров вскоре будет иметь три (!) армейских объединения в составе: 44-й армии (Герой Советского Союза, командующий генерал-лейтенант Г. М. Черняк), 47-й армии (командующий генерал-майор К. С. Колганов), 51-й армии (командующий генерал-лейтенант В. Н. Львов, которого в 1942 г. под Керчью постигнет участь генерала Острякова).
Однако вдумчивый читатель должен знать, что командир корпуса П. И. Батов был арестован сразу после окончания майских учений ЧФ и 9-го ОСК. И какое-то время находился в аду Сухановской тюрьмы, перенося, как и названный выше генерал армии Мерецков, нечеловеческие пытки. Но в сентябре 1941 г. Сталин приказал выпустить из-под стражи из Сухановской тюрьмы Мерецкова, Ванникова, Батова и еще нескольких человек. После чего генерал-лейтенант Батов был вновь возвращен на должность командира 9-го ОСК.
В первые дни войны командование и Военный совет ЧФ должны были наладить взаимодействие с сухопутными войсками, которые вели оборону на южном фланге советско-германского фронта.
Но должного согласования в этом достигнуто не было, что впоследствии и отразилось на разыгравшейся трагедии корпусной группировки войск (9-й ОСК) Красной армии, ЧФ, понесенных огромных и неоправданных потерь, возникших ввиду полной неспособности вести организованную оборону. А учитывая значительное количество войск, не только контратаковать противника, но и громить его по всему южному флангу.
Но этого не произошло: командование армейскими силами, 51-й армией, Отдельной Приморской армией, корпусными силами (9-й ОСК) и Черноморским флотом не сумело грамотно организовать победные сражения над меньшим количеством армии противника, которую привел в Крым немецкий генерал Э. фон Манштейн. Не последним фактором было и то, что огромные массы 9-го ОСК не желали воевать и сдавались целыми батальонами и частями.
Все пошло наперекосяк: высшее руководство ЧФ трусовато укрылось на теплом кавказском берегу (в Поти и Туапсе); а армейское высшее командование оказалось в жалком смятении и страхе за свою шкуру, проявляя очевидную бездарность, за что своими жизнями поплатились многие сотни тысяч красноармейцев и краснофлотцев, да еще была потеряна вся боевая техника.
