Но вскоре ситуация меняется. Бывших польских повстанцев разоружают, собирают в группы и увозят в специальные лагеря. Почему так поступили со своими союзниками? И какое отношение к этому имел сам Черняховский?
Документы свидетельствуют, что руководители Армии крайовой решили не подчиняться советскому командованию, но оставить у себя оружие и участвовать в случае необходимости в освобождении тех или иных населённых пунктов. Этим они создали прямую угрозу безопасности тыла 3-го Белорусского фронта, которым командовал Черняховский. Вот выдержка из докладной записки народного комиссара внутренних дел СССР Л.П. Берии И.В. Сталину от 16 июля 1944 г.: «Поляки безобразничают, отбирают насильно продукты, рогатый скот и лошадей у местных жителей, заявляя, что это идёт для польской армии. Имеют место угрозы, что если местные жители Литвы будут сдавать продовольствие Красной Армии, то поляки их накажут».
Общая стратегическая линия Армии крайовой была направлена в то время на захват населённых пунктов в Польше ещё до вступления в них частей Красной Армии. Там необходимо было установить власть так называемого лондонского правительства. Одной из самых громких авантюр «аковцев» стала операция «Буря», приведшая к абсолютно неподготовленному и ненужному восстанию жителей Варшавы. Восстание было жестоко подавлено гитлеровцами и повлекло за собой смерть около 200 тыс. тысяч простых варшавян, чьи жизни были принесены в жертву замыслам главарей Армии крайовой.
Со своей стороны Черняховский никогда не воевал и не мог воевать против польских партизан. Ему было просто не до этого. Он и его армии бились с отборными немецкими частями, не желающими отдавать Польшу и Прибалтику. Разоружение солдат Армии крайовой происходило исходя из общей директивы Москвы. Эта директива имела свой смысл – как можно было терпеть в тылу своего фронта какие-то инородные вооружённые формирования, которые не подчинялись советским приказам?! Разоружением «аковцев» занимались не фронтовые части Черняховского, а войска НКВД, которыми руководил уполномоченный по 3-му Белорусскому фронту генерал Иван Серов. Но для польских историков это ничего не меняет. Для них всё равно – НКВД это было или Черняховский. И даже не возникает сомнения, что пострадала память о герое, которому поляки обязаны своей нынешней свободой!
После поражения варшавского восстания части «аковцев», оказавшиеся на занятой Красной Армией территории, были демобилизованы. 1 января 1945 года генерал Окулицкий издал приказ о роспуске военной организации. Так закончилась история Армии крайовой. Но часть её бывших военнослужащих вступила в борьбу с советскими войсками. Не с фронтовыми частями, а с войсками НКВД. Многие из них были арестованы и осуждены. По данным архивов, с территории всей Польши в лагеря Рязанской, Калининской и Новгородской областей попало около восьми с половиной тысяч поляков. Впрочем, уже осенью 1945 г. был подписан приказ, по которому большая часть бывших бойцов Армии крайовой была освобождена и отправлена на родину.
