9 сентября, вскоре после полуночи, взрыв разрушил все девять этажей центральной части здания на улице Гурьянова, 19, в районе Печатники в Москве. Несколько тел было отброшено на соседние улицы. Огонь бушевал несколько часов под окутанными удушливым дымом развалинами. К концу первого дня число погибших достигло 98 человек.
13 сентября мощный взрыв превратил девятиэтажное панельное жилое здание в Москве на Каширском шоссе, 6, в окутанные дымом развалины. Взрыв произошел в 5.00, и, проснувшись, москвичи увидели на телевизионных экранах, как рабочие аварийной службы лихорадочно пробираются через завалы. Один из спасателей спросил: «Как можно сказать, сколько людей погибло, если мы находим только их фрагменты?» Число погибших во время взрыва на Каширском шоссе вскоре достигло 118 человек.
После взрывов обломки домов были сразу же убраны, несмотря на возражения МВД и Министерства по чрезвычайным ситуациям. Поспешность, с которой ликвидировались следы преступления, особенно поразительна на фоне того, как велось следствие по терактам против зданий американских посольств в Кении и Танзании в 1998 году: подозреваемые были выявлены и в конечном итоге арестованы в результате тщательного многомесячного просеивания обломков. А ФСБ не подпускала следователей из Министерства по чрезвычайным ситуациям к местам взрывов на улице Гурьянова и на Каширском шоссе и препятствовала попыткам рабочих-спасателей позаботиться о жертвах. Российские власти отклоняли предложения о предоставлении помощи в расследовании от Соединенных Штатов и других стран Запада.
Ощущение, что взрывы были инсценированы, подкреплялось и последующей реакцией властей. После взрыва на улице Гурьянова в Москве были приняты чрезвычайные меры безопасности. Вереницы грузовиков с прицепом и легковых машин образовались на дорожных контрольно-пропускных пунктах у въезда в город. Дивизия МВД им. Дзержинского численностью 15 000 человек была рассредоточена на улицах Москвы, увеличив и без того огромное количество работников милиции. Однако через 4–5 дней после взрыва на Каширском шоссе ситуация почти вернулась в нормальное русло, создавая впечатление, будто власти знали, что дальнейшей опасности не существует. Западные дипломаты, пытавшиеся получить информацию из правительственных и других источников, сталкивались с тем, что обычные контакты не дают им никакой информации о безопасности обстановки и любая попытка поднять вопрос о терактах приводила к прекращению разговора.
