Согласно статье, опубликованной 22 июля в «Московской правде», основанной на секретных документах, один из планов, обсуждавшихся в Кремле, состоял в создании беспорядков в Москве путем организации террористических актов, похищения детей и войны между соперничающими криминальными кланами. В начале сентября в прессе появились сообщения, что Березовский, Александр Волошин (в то время глава Администрации Президента), Антон Суриков (бывший сотрудник Главного разведывательного управления — ГРУ) и Басаев встретились во Франции в июне или июле и разрабатывали план вторжения в Дагестан. 13–14 сентября газета «Московский комсомолец» напечатала фрагменты стенограммы беседы между человеком с голосом, похожим на голос Березовского, и человеком, чей голос напоминал голос Мовлади Удугова, неофициального представителя радикальной чеченской оппозиции, в которую входили Басаев и Хаттаб. Во время этой беседы ее участники, обращаясь дружески друг к другу, обсуждали передачу денег от человека, похожего на Березовского, боевикам. Павел Гусев, главный редактор «Московского комсомольца», сообщил, что, по его утверждению, сотрудник ФСБ, записавший на пленку эту беседу, позже был уничтожен «по приказу тех, чьи голоса он записал».
По-видимому, эти публикации побудили Третьякова, главного редактора самой известной газеты, принадлежавшей Березовскому, предложить какую-то версию событий, которая если и не оправдывала его шефа, то, по крайней мере, давала понять, что он был не единственным, кто участвовал в организации вторжения в Дагестан. Третьяков писал: «Совершенно очевидно, что чеченцев завлекли в Дагестан… чтобы оправдать восстановление федеральной власти в республике и начало военных действий против террористов, окопавшихся в Чечне. Ясно, что это была операция, подготовленная российскими спецслужбами… более того, она была санкционирована самыми высокопоставленными кругами.
В свете всего этого вот мое собственное личное предположение: в худшем случае Березовским воспользовались, не посвятив его в деятельность российских спецслужб, или, что наиболее вероятно, он действовал заодно с ними… Моя гипотеза гораздо более похожа на правду, чем мнение, что Березовский сам все устроил, которое предполагает его абсолютное влияние на обе воюющие стороны одновременно».
Между тем, 5 августа 1999 года исламисты под предводительством двух командиров — Шамиля Басаева и Хаттаба, предположительно гражданина Саудовской Аравии, вторглись из Чечни в западный Дагестан с целью начать антироссийское восстание. 9 августа Степашин был освобожден от должности, и его место занял Владимир Путин. 22 августа боевики отошли назад в Чечню без тяжелых потерь.
