Экономический крах имел политические последствия. Политический рейтинг Ельцина сильно упал, и отрицательно оценивали его правление уже 80 % избирателей. В результате Ельцин был вынужден идти на уступки своей политической оппозиции в Государственной думе.
За пять месяцев до этого Ельцин отправил в отставку Виктора Черномырдина, который пять с половиной лет занимал должность премьер-министра, и заменил его Сергеем Кириенко, бывшим министром топливной и энергетической промышленности. После августовского кризиса Ельцин снял с поста Кириенко и сделал попытку восстановить Черномырдина, но Дума дважды, 31 августа и 9 сентября, проголосовала против его кандидатуры. Коммунисты выдвинули кандидатуру Евгения Примакова, министра иностранных дел и бывшего главы разведывательной службы. Опасаясь третьего отказа от кандидатуры Черномырдина, с перспективой новых парламентских выборов, Ельцин назначил Примакова, кандидатура которого была одобрена Думой 11 сентября большинством голосов (317 против 63).
Назначение Примакова ознаменовало раскол в системе олигархии. Впервые с октября 1993 года, когда Ельцин распустил Верховный Совет, он столкнулся с альтернативным центром власти.
Примаков быстро доказал, что хочет добиться политической независимости правительства от олигархов и Администрации Президента. С этой целью он санкционировал расследование дел «семьи» Ельцина, группы, стоящей у вершины власти, куда входили дочери Ельцина Татьяна Дьяченко и Елена Окулова, Валентин Юмашев, глава Администрации Президента, Борис Березовский, Павел Бородин, ответственный за управление недвижимым имуществом в Администрации Президента, и другие олигархи и государственные чиновники, тесно связанные с Ельциным.
Расследование началось с Березовского, на которого в январе 1999 года пало подозрение в присвоении денежных средств, принадлежавших Аэрофлоту. Но задолго до начала этого расследования Генеральный прокурор Юрий Скуратов занимался расследованием возможных выплат Бородину швейцарской фирмой «Мабетекс» в связи со строительными и восстановительными работами в Кремле — делом, к которому оказались причастны дочери Ельцина. Осенью 1997 года Карле дель Понте, Генеральному прокурору Швейцарии, были предоставлены полицейские отчеты о том, что представители российской организованной преступности контролируют более 300 швейцарских фирм и что швейцарский бизнесмен албанского происхождения Беджет Пакколи, стоявший во главе «Мабетекса», снабжал неизвестно как приобретенными средствами Ельцина и его дочерей. В сентябре 1998 года эти документы были направлены Скуратову.
