Даже не выполнив требования задания, новый разведчик значительно превосходил по скорости и дальности полета использовавшийся на флоте разведывательный вариант пикировщика D4Y2-C. Весной 1944 г C6N1 с двигателем "Хомаре"-21 был принят для производства под обозначением "палубный разведчик "Саюн" (Разноцветное облако) модель 11". Впервые C6N1 были использованы в сражении у Марианских островов. Благодаря большой дальности полета, которая с дополнительным 730-л подфюзеляжным баком достигала 5600 км, и высокой скорости, сравнимой со скоростью американского истребителя "Хеллкэт" F6F-5, новый разведчик был способен вести эффективное наблюдение за кораблями союзников, успешно избегая перехвата.
Вскоре после боевого дебюта "Саюна" на заводе Накадзимы в Коизуми была выпущена новая модификация C6N1-B "Саюн" "модель 21" - торпедоносец, сохранивший возможность использования в качестве разведчика. Торпеда подвешивалась под фюзеляжем ближе к правому борту. Планировалось также установить синхронные пулеметы. Но в связи с потерей практически всех авианосцев надобность в таком самолете отпала. Зато возникла необходимость в ночных истребителях для обороны метрополии от налетов В-29. Ночной истребитель C6N1-S с экипажем из двух человек был вооружен парой 20-мм пушек, установленных в фюзеляже под углом к горизонту. Благодаря сокращению экипажа, снятию части оборудования и оборонительного пулемета удалось сохранить при этом высокие летные данные самолета. "Саюн" стал самым скоростным японским ночным истребителем, но эффективность его применения ограничивалась отсутствием поискового локатора. Реально было оборудовано только несколько таких истребителей.
Для поднятия высотных характеристик "Саюна" на Накадзиме был выпущен опытный C6N2 с двигателем NK9K-L "Хомаре"-24, оснащенным турбокомпрессором. Но проблемы с турбокомпрессором, характерные для всех подобных японских самолетов, задержали испытания C6N2 до конца войны. Планировалось также запустить в серию ночной истребитель C6N3 "Саюн" КАИ 1 с тем же двигателем "Хомаре"-24. До конца войны проектировались еще три модификации: C6N4 "Саюн" КАИ 2 под двигатель Мицубиси МК9А, C6N5 "Саюн" КАИ 3 и цельнодеревянный C6N6 "Саюн" КАИ 4. Всего было выпущено 463 "Саюна".
"Саюн" стал последним сбитым во второй мировой войне самолетом, когда 15 августа 1945 г в 5.40 утра - за 5 минут до конца войны капитан-лейтенант Рейди перехватил C6N1.
Тактико-технические характеристики C6N1.
