Высшее командование армейской авиации подчинялось "дайхоней" - имперской верховной штаб- квартире и непосредственно "санбо сохо" - начальнику штаба армии. В подчинении начальника штаба находилась "коку сокамбу" - высшая авиационная инспекция (отвечала за подготовку летного и технического персонала) и "коку хомбу" - воздушный штаб, которые помимо боевого управления отвечали за разработку и производство самолетов и авиамоторов.
По мере поступления новых самолетов японской разработки и производства, а также подготовки летного персонала, авиация императорской армии все шире использовалась в боях в Китае. Одновременно японская армейская авиация дважды участвовала в кратковременных конфликтах с Советским Союзом у Хасана и на Халхин-Голе. Столкновение с советской авиацией оказало серьезное влияние на взгляды японской армии. В глазах штаб-квартиры армии Советский Союз стал главным потенциальным противником. С прицелом на это вырабатывались требования к новым самолетам, оборудованию и строились вдоль границы с Забайкальем военные аэродромы. Поэтому воздушный штаб в первую очередь требовал от самолетов сравнительно небольшой дальности полета и возможность действовать в суровых морозах. В результате самолеты армии оказались совершенно неподготовленными для полетов над просторами Тихого океана.
Во время планирования операций в Юго- Восточной Азии и на Тихом океане армейская авиация в силу своих технических ограничений должна была в первую очередь действовать над материковой частью и крупными островами - над Китаем, Малайей, Бирмой, Ост-Индией и Филиппинами. К началу войны армейская авиация из имевшихся 1500 самолетов выделила 650 в состав 3-й хикосидан для наступления на Малайю и в 5-ю хикосидан, действующую против Филиппин.
3-я хикосидан включала:
3-ю хикодан
27-й сентай - 23 Ки-51;
59-й сентай - 24 Ки-43;
75-й сентай - 25 Ки-48;
90-й сентай - 30 Ки-48 и Ки-30;
7-ю хикодан
12-й сентай - 21 Ки-21;
60-й сентай - 39 Ки-21;
64-й сентай - 35 Ки-43 и 6 Ки-27;
98-й сентай - 42 Ки-21;
10-ю хикодан
31-й сентай - 24 Ки-30;
62-й сентай - 22 Ки-21;
77-й сентай - 27 Ки-27;
70-й чутай - 8 Ки-15;
12-ю хикодан
1-й сентай - 42 Ки-27;
11-й сентай - 39 Ки-27;
15-ю хикотай
50-и чутай - 5 Ки-15 и Ки-46;
51-и чутай - 6 Ки-15 и Ки-46;
83-ю хикотай
71-й чутай - 10 Ки-51;
73-й чутай - 9 Ки-51;
89-м чутай - 12 Ки-36;
81-й сентай - 9 Ки-15 и 7 Ки-46;
12-й чутай - Ки-57
5-я хикосидан включала:
4-ю хикодан
8-й сентай - 27 Ки-48, 9 Ки-15 и 2 Ки-46;
