Нельзя не сказать о том, что Виктор Семенович Абакумов показал себя талантливым организатором и руководителем военной контрразведки.
К числу его достижений следует в первую очередь отнести разработку в кратчайшие сроки ряда инструктивно-методических документов для действий оперативного состава подчиненных органов: Инструкции по организации ведения радиоигр с противником (объявлена директивой ГУКР «Смерш» НКО № 38288 от 16 июля 1943 г.) и Инструкции по организации розыска агентуры разведки противника (директива ГУКР «Смерш» НКО № 49519 от 9 сентября 1943 г.). Данные документы рационализировали работу военных контрразведчиков, способствовали повышению ее эффективности и результативности.
К числу важных информационно-аналитических документов, подготовленных в кратчайшие сроки ГУКР «Смерш» НКО, следует отнести и сборники справочных материалов «Органы германской разведки, действующие на советско-германском фронте» (август 1943 г.) и аналогичный справочник об органах финской разведки (март 1944 г.), которые также широко использовались в работе НКВД и НКГБ СССР.
Следует отметить, что накопленный военными контрразведчиками опыт позволил им заводить оперативные разработки конкретных разведывательных, контрразведывательных и карательных органов противника, действовавших на временно оккупированной советской территории в зоне ответственности УВК соответствующих фронтов.
Это позволяло не только вести с противником радиоигры и осуществлять в отношении него дезинформационные мероприятия, но и проводить операции по агентурному проникновению, обеспечивавшие выявление официального состава и агентуры этих органов, готовить и проводить мероприятия по их ликвидации, а также захвату личного состава, агентуры, зданий и документов.
Непосредственно работу по выявлению и розыску агентуры в центральном аппарате ГУКР «Смерш» осуществлял 3-й отдел (его возглавлял полковник Г. В. Утехин, затем — Д. П. Тарасов), а ведением контрразведывательной деятельности на временно оккупированных территориях (зафронтовая работа) занимался 4-й отдел (полковник П. П. Тимофеев, Г. В. Утехин).
В управления контрразведки «Смерш» фронтов 2-е отделы занимались борьбой с агентурой противника, разведработой за линией фронта, контрразведывательной работой среди военнопленных и фильтрацией вышедших из окружения, 3-тьи отделы курировали работу подчиненных органов, а 4-е отделы были следственными.
Штаты Управлений «Смерш» в Действующей Армии были определены:
