.
В ноябре 2009 года Наганов создал и возглавил Фонд поддержки развития институтов гражданского общества «Конструктивный проект»[268].
В 2011 году он стал наблюдателем на выборах президента республики Южная Осетия в качестве советника исполнительного директора РОИПП.
Собственно оппозиционная активность Наганова началась в 2012 году, когда он попал в группу Навального. Причем начинается она с интернет-проектов под новой фамилией.
В январе-феврале 2012 года Наганов опубликовал серию статей под рубрикой «Обещалкин», в которых были собраны все ежегодные повторяющиеся обещания Владимира Путина по ряду вопросов с 1999 по 2012 годы, затем опубликовал «Пособие по борьбе с пропагандой» — статистический сборник фактов о нефтегазовой зависимости экономики России. Последующие две части были посвящены анализу положения дел в сфере национальной безопасности и уровня жизни населения. Заявленной задачей нагановских «пособий» было «развенчать» миф о положительных переменах в стране.
В марте 2012 года Наганов статистически обосновал нелегитимность результатов прошедших президентских выборов в связи с отказом от проведения второго тура, что, по его мнению, стало возможным только в результате массовых фальсификаций.
С марта 2012 года он координировал проект Навального «Добрая машина правды», в апреле к нему присоединились Албуров и Ашурков. С марта Наганов, как и остальные, стал экспертом Фонда борьбы с коррупцией.
В июле — декабре 2012 года Наганов стал членом оргкомитета Всероссийской политической партии «Народный Альянс», в оргкомитет которого также вошли депутат Екатеринбургской городской Думы Леонид Волков, исполнительный директор Фонда борьбы с коррупцией Владимир Ашурков, политолог Федор Крашенинников и журналист Тимур Хорев.
В сентябре-октябре, как и многие члены группы Навального, Наганов стал членом территориальной избирательной комиссии по г. Химки от кандидата в мэры города Евгении Чириковой. 22 октября он избрался в Координационный совет российской оппозиции и, получив 15 541 голос, занял последнее, 30-е место по общегражданскому списку[269].
С декабря Наганов стал членом Президиума Центрального совета, руководителем Центрального исполнительного комитета Всероссийской политической партии «Народный Альянс».
В июне — сентябре 2013 года Наганов выступил в качестве доверенного лица Навального на выборах в мэры Москвы. В этом же году он организовал Независимую группу наблюдения за выборами (НГН). Изначально группа состояла исключительно из членов партии «Народный Альянс», но позже ее состав изменился, в группу вошли и другие гражданские активисты. Смарта 2013 года по сентябрь 2015 года представители группы наблюдали выборы в 44 муниципальных образованиях региона
