Этот эффект был достигнут в первые два года функционирования единой таможенной территории. В 2012 году темпы роста взаимной торговли упали вчетверо, а в 2013-м произошло падение её объема на 6 %. Парадоксальным образом это падение совпало с углублением интеграции — переходом от Таможенного союза к Единому экономическому пространству, в рамках которого общий рынок товаров был дополнен общим рынком услуг, капитала и труда. Официальные лица списывают это падение на ухудшение мировой экономической конъюнктуры, что едва ли можно считать уместным в условиях продолжающегося роста китайской экономики, ВВП которого увеличилось на 7 %, оживления экономики Германии и ряда других крупных европейских стран, являющихся нашими ведущими торговыми партнёрами.
Резкое падение оборота взаимной торговли в 2013 году было вызвано сочетанием объективных и субъективных факторов. Первые связаны с исчерпанием потенциала увеличения торговли после снятия таможенного контроля на границах между государствами — членами ТС. Дальнейший рост торговли требует расширения кооперации и специализации производства в государствах — членах ТС. Для этого требуется наращивание инвестиций в совместные производства товаров с высокой добавленной стоимостью, реализация совместных инвестиционных проектов. Всё это требует укрепления доверия делового сообщества к интеграционному процессу. Этому не способствовала кардинальная реорганизация наднационального органа, предпринятая непосредственно перед возвращением В. В. Путина на пост главы государства.
Начатая в 2012 году реорганизация наднационального органа — замена Комиссии таможенного союза Евразийской экономической комиссией — сопровождалась десятикратным увеличением её численности и снижением ответственности сотрудников, что повлекло бюрократизацию и резкое усложнение процедур принятия решений. Они существенно замедлились, в двадцать раз увеличились расходы в расчете на одно принимаемое решение. Идею реорганизации инициировали высокопоставленные российские чиновники, которые усмотрели в наднациональном органе своеобразный «золотой парашют» на случай исхода из правительства после президентских выборов. Заручившись поддержкой тогдашнего главы российского государства, они добились одобрения белорусского и казахстанского президентов за счёт сдачи большинства российских голосов в правилах принятия решений наднациональным органом.
Уравнивание всех государств — членов ТС в количестве голосов при принятии решений наднационального органа с предоставлением права вето интерпретировалось как подражание опыту ЕС. На самом деле, в отличие от ЕС, в органах которого при принятии решений доминируют международные чиновники, процессом евразийской интеграции руководят национальные правительства, совместную деятельность которых обеспечивает наднациональный орган. Установление в нём равного представительства всех государств — членов ТС соответствует идеологии евразийской интеграции, исходящей из равноправия всех её участников.
