Приказом НКО СССР № 0061 от 29 июля 1941 года ГАУ КА военинженер 1 ранга В.В. Аборенков назначен начальником вновь созданного Отдела специального артиллерийского вооружения ГАУ КА и заместителем начальника ГАУ КА по специальному артиллерийскому вооружению.
Постановлением Государственного Комитета Обороны № ГКО-642сс от 8 сентября 1941 года, подписанным И.В. Сталиным, гвардейские минометные части М-8 и М-13 выделялись из состава артиллерии Красной Армии. Для руководства этими частями вводилась должность командующего минометными частями М-8 и М-13 с непосредственным подчинением его Ставке Верховного Главнокомандования. Постановлением на должность командующего минометными частями М-8 и М-13 назначался военинженер 1 ранга В.В. Аборенков (с освобождением от прежней должности). С 19 января 1942 года — генерал-майор артиллерии, с 25 марта 1943 года — генерал-лейтенант артиллерии, 10 апреля 1942 года за участие в разработке реактивного вооружения награжден Сталинской премией I степени. Постановлением СНК СССР № 588 от 26 апреля 1942 года, объявленном в Красной Армии приказом НКО СССР № 136 от 4 мая 1942 года, начальник Главного военно-химического управления Красной Армии и командующий гвардейскими минометными частями генерал-майор артиллерии Аборенков В.В. назначался заместителем Народного Комиссара Обороны по химической обороне и гвардейским минометным частям. Постановлением ГКО № 3266сс от 29 апреля 1943 года заместитель НКО СССР и начальник Главного военно-химического управления Красной Армии генерал-лейтенант артиллерии В.В. Аборенков освобождался от должности командующего ГМЧ СВГК, ему предписывалось целиком сосредоточиться на руководстве ГВХУ КА.
В 1942–1946 годах начальник Главного военно-химического управления Красной Армии. С 7 февраля 1948 года начальник кафедры взрывчатых веществ и пиротехники Военной академии химической защиты Советской Армии. Уволен в запас 7 апреля 1948 года по статье 43 (по болезни). Награжден орденами Ленина, Красного Знамени, Красной Звезды, Кутузова 2 степени, тремя медалями. Умер 18 августа 1954 году, похоронен на Ваганьковском кладбище (г. Москва). В вышеописанной биографии есть нестыковка по датам рождения и службы во время первой мировой войны. По книге «Русский архив. Великая Отечественная» Т-13 (2–3) (М., «Терра», 1997 г., с. 412) В.В. Аборенков родился в 1896 г., а умер в 1972 г.
Отдел явился, по сути, первым органом управления новыми частями реактивной артиллерии. По штату, приложенному к приказу, отдел имел следующий состав:
