Анатомія, медицина, а особенно хирургія и натуральная исторія также занимали досуги Петра. Онъ слушалъ курсъ первой изъ сихъ наукъ въ Амстердамѣ въ 1697 году у извѣстнаго своею ученостію профессора Рюйша; для избѣжанія толпы любопытныхъ, собиравшихся на городскихъ улицахъ, чтобы видѣть его, нанялъ для себя комнату въ гостиницѣ св. Петра, рядомъ съ домомъ профессора, и приказалъ на свой счетъ сдѣлать между сими двумя зданіями коридоръ, слѣды коего до сихъ поръ еще видны. Онъ купилъ у Рюйша его анатомическій кабинетъ, который вмѣстѣ съ собраніемъ аптекаря Себа составилъ собственный его кабинетъ натуральной исторіи (нынѣшній музей Императорской Академіи Наукъ). Раза два или три въ недѣлю Петръ посѣщалъ оный, пополнялъ тѣлами уродовъ, разными животными и растеніями, изъ коихъ нѣкоторыя находилъ самъ, и всегда присутствовалъ при анатомическихъ операціяхъ, дѣлаемыхъ въ его время въ Петербургѣ.
Любовь Петра къ хирургіи была слѣдствіемъ познаніи его въ анатоміи. Однажды, гуляя по масляному рынку въ Амстердамѣ, въ 1697 году, остановился онъ у лавки одного шарлатана, который дошелъ до такого совершенства, что рвалъ зубы ручкою чайной ложки, концомъ шпаги и т. и. Государь призвалъ его къ себѣ, велѣлъ ему повторить опыты своего искусства и, послѣ нѣсколькихъ уроковъ, не уступалъ уже своему учителю. Уроки сіи бралъ онъ въ трактирѣ подъ вывѣскою слона, на площади маслянаго рынка, и вмѣсто того, чтобъ получать по грошу съ тѣхъ, которые приходили къ нему рвать себѣ зубы, какъ это обыкновенно дѣлалось, онъ самъ платилъ имъ по шиллингу. Еще и теперь хранится въ музеумѣ Императорской Академіи Наукъ цѣлый мѣшокъ зубовъ, вырванныхъ самимъ государемъ.
Во второе путешествіе свое по Голландіи, Петръ свелъ знакомство съ Боэргавомъ, который тогда былъ ректоромъ Лейденскаго университета, и почерпалъ отъ него новыя свѣдѣнія въ медицинѣ и ботаникѣ: гербарій Петра существуетъ до сихъ поръ; при каждомъ растеніи государь отмѣчалъ собственноручно день, въ который оно имъ сорвано, и мѣсто, гдѣ найдено. Онъ всегда носилъ въ карманахъ два футляра, одинъ съ математическими, другой съ хирургическими инструментами. Кромѣ того, что рвалъ зубы, онъ пускалъ кровь и даже, въ 1723 году, произвелъ операцію надъ женою голландскаго купца Борста, которая страдала водяною болѣзнію. Когда случалось въ госпиталяхъ отрѣзывать кому-нибудь руку или ногу, онъ всегда при этомъ присутствовалъ и самъ перевивалъ раны страждущимъ.
