Получился относительно плавный переход от обычного четвероногого млекопитающего к существу с анатомией, близкой к анатомии летучей мыши. Возможно, предки летучих мышей прошли подобную эволюционную цепочку и, не остановившись на этом, сделали еще один шаг, развив у себя мускулы, необходимые для настоящего полета.
Точно так же и глаз необязательно должен был разом появиться на голове животного. Беспозвоночные, такие как плоские черви, имеют всего лишь особые нервы, окончания которых покрыты светочувствительными пигментами. У некоторых ракообразных уже есть глаза, но это всего лишь слой пигмента, покрытый мембраной. Со временем такая мембрана вполне могла отделиться от пигмента и взять на себя роль простой линзы. Так, путем небольших изменений подобный глаз мог превратиться в те точнейшие телескопы, которыми пользуются птицы и млекопитающие. Поскольку даже слабое зрение лучше, чем никакого, каждый шажок на этом пути должен подхватываться и вознаграждаться естественным отбором.
С открытием естественного отбора Дарвин вновь обратился к идеям других ученых и показал, что в рамках его теории они обретают дополнительный смысл. В молодости Дарвин восхищался теорией Пейли, но теперь показал, как природные структуры могли возникнуть без вмешательства творца. Карл фон Бэр продемонстрировал, что зародыши различных животных на ранних стадиях развития очень похожи между собой, а собственные характерные черты обретают позднее. Для Дарвина этот факт был указанием на общее происхождение животных и на то, что различия в развитии возникли уже после того, как предки этих животных разошлись на пути эволюции.
Мало того, Дарвин принял даже архетипы Оуэна. «В архетипах Оуэна я вижу больше, чем идеал, я вижу реальное представление о том, как совершеннейшее мастерство и величайшее обобщение может представлять предка позвоночных», — написал он однажды коллеге-ученому. По Оуэну, гомология между крылом летучей мыши и ластой ламантина говорит о том, как работал разум Создателя. По Дарвину, эта гомология — признак общего наследия.
Дарвин в книге очень осторожно обходил острые углы и старался не писать о том, что его теория означает для рода человеческого. «В отдаленном будущем я вижу широкое поле для гораздо более значительных исследований. Психология будет строиться на новом фундаменте, на идее, что всякая умственная способность осваивается постепенно. Это прольет свет на происхождение человека и его историю».
