Четыре года спустя, в 1850 г., Гексли вернулся в Англию. Подобно Дарвину, за время путешествия он стал настоящим ученым. Как и в случае с Дарвином, научная слава обогнала корабль, поскольку статьи Гексли были опубликованы в Англии еще до его возвращения. Статьи эти были посвящены странным созданиям вроде португальского кораблика — загадочного животного, которое на поверку оказалось целой колонией особей. После этого Гексли смог получить на флоте трехлетний отпуск с сохранением жалованья — для продолжения исследований. Не имея никакой ученой степени, в 26 лет он был избран членом Королевского общества.
Адмиралтейство трижды приказывало Гексли вернуться на действительную службу, и после третьего отказа он был вычеркнут из списков. Он попытался найти в Лондоне другую работу и в конце концов устроился на полставки в Школу горного дела. Он писал в газеты обзоры и рецензии — и всего заработанного едва хватало на содержание семьи. Гексли всегда возмущал тот факт, что первые роли в науке играют исключительно богачи — просто потому, что могут себе это позволить. Тем не менее он сумел заслужить отличную репутацию и не боялся нападать на патриарха английских биологов Ричарда Оуэна.
В то время Оуэн обдумывал идею своего рода божественной эволюции. Со временем, предполагал он, Бог создавал новые виды, всегда опираясь на собственные архетипы. Оуэн представлял, как величественно разворачивалось полотно жизни в соответствии с божественным планом — от общего к частному: «упорядоченное непрерывное становление», как он это называл. Чтобы успокоить своих поклонников и покровителей, приверженцев натуральной теологии и неизменности видов, Оуэн не забывал повторять, что биология все же «связана с высочайшими нравственными соображениями».
Гексли в публичных выступлениях и рецензиях насмехался над попытками Оуэна превратить Бога в инженера, а летопись ископаемых расценивать как модификации проекта. Сам Гексли не принимал эволюцию ни в какой форме — ни в божественной, ни в материалистической. Он не видел прогресса ни в истории Земли, ни в истории жизни. Но в 1856 г., когда Дарвин пригласил Гексли на уик-энд в свой загородный дом, все изменилось.
Дарвин изложил ему свою версию эволюции, помогающую объяснить природные закономерности без участия высших сил и вообще без особого внешнего вмешательства. Он показал Гексли своих голубей и семена. Гексли это полностью убедило, и в дальнейшем он стал лучшим союзником Дарвина.
