Командующим Войсками ПВО страны 7 июля 1948 г. был назначен заместитель министра Вооружённых Сил Маршал Советского Союза Л.А. Говоров с оставлением за ним должности главного инспектора. С этой даты Войска противовоздушной оборони страны вышли из подчинения командующего артиллерией Советской Армии [357].
По мере развития средств воздушного нападения и необходимости усиления противовоздушной обороны продолжился процесс совершенствования организационной структуры Войск ПВО страны. Так, с началом 1950-х гг. в Вооружённых Силах СССР были созданы части и соединения Войск противовоздушной обороны, включающие различные рода Войск ПВО страны. Уже 9 августа 1950 г. Совмином СССР принимается Постановление № 3389-1426 сс/оп «О разработке управляемых снарядов-ракет и новейших радиолокационных средств управления ими с целью создания современной наиболее эффективной ПВО городов и стратегических объектов» (разрабатываемая система получила наименование «Беркут» или С-50). А уже с июня 1951 г. вокруг Москвы началась планирование и строительство площадок для размещения 56 ракетных баз (полков) системы С-50, которая была завершена в июле 1955 г. с включением е боевой состав Войск ПВО 1-й (Московской) армии Особого назначения ПВО, вооружённой новой зенитно-ракетной системой С-25 [396, с. 115-116, 120].
Истребительная авиация ПВО к 1952 г. была перевооружена на реактивные истребители МиГ-15 и Як-17, значительная часть которых уже имела радиолокационные прицелы. В этом же году, наряду с началом поступления в войска зенитно-ракетной техники, зенитная артиллерия получила новые автоматические и полуавтоматические 57-мм, 100-мм, и 130-мм зенитно-артиллерийские комплексы [294, с. 26]. В мае 1954 г. учреждается должность Главнокомандующего Войсками ПВО страны, на которую был назначен маршал Л.А. Говоров [95, с. 424].
В июне 1953 г. было принято решение упразднить районы ПВО в приграничных округах (кроме Дальнего Востока) и на их базе создать 12 номерных управлений ПВО [396, с. 41]. Но такая система просуществовала всего год и уже к концу 1954 г. имелись 2 округа ПВО (Московский и Бакинский) и 5 отдельных армий ПВО (Амурская – затем Дальневосточная, Ленинградская Особая, Киевская, Северная, Северокавказская). В их подчинении находились 12 безномерных (именных) корпусов: Беломорский, Забайкальский, Закавказский, Казанский, Минский, Львовский, Одесский, Прибалтийский, Северный, Таврический, Туркестанский, Харьковский и 2 дивизии (Новосибирская и Чкаловская). Чуть позже появились ещё целый ряд корпусов (Брянский, Куйбышевский, Приморский, Сахалинский и другие) и дивизий (Балтийская, Днепропетровская, Камчатская, Крымская, Полярная и другие). Лишь весной 1960 г. все эти формирования (кроме округов) получили нумерацию — армии (1-я, 2-я, 4я, 6-я, 8-я, 10-я, 11-я, а чуть позже 12-я и 14-я), корпуса (от 1-го до 30-го с некоторыми пропусками), дивизии (от 1-й до 33-й – тоже с пропусками).
