Б.М. Шапошников выполнял ответственную оперативную работу в штабах Высшего Военного совета, наркомвоенмора Украины, а с осени 1919 г. — в Полевом штабе Революционного Военного совета Республики.
В грозные дни лета 1918 года, когда белогвардейцы подошли к Волге с востока, а осенью 1919 года к Орлу с юга, мужество и верность Бориса Михайловича делу революции были отмечены и оценены командованием Красной Армии.
Осенью 1919 года он познакомился с М.В. Фрунзе, а в конце 1920 года они вновь встретились на Южном фронте при разработке операций против Врангеля. В последующем, проводя в 1924 году реорганизацию центрального аппарата и возглавляя Штаб РККА, М.В. Фрунзе, зная блестящие оперативные способности Б.М. Шапошникова, оставил его своим помощником. Высоко ценили начальника Оперативного управления и такие опытные генштабисты, как Главком С.С. Каменев[1], начальник Полевого штаба РВСР П.П. Лебедев[2]. За активное участие в оперативной работе Полевого штаба, проявленную инициативу и твердое проведение разработанных им лично боевых операций Красной Армии Б.М. Шапошников был награжден в 1921 году орденом Красного Знамени. В приказе РВСР № 283 от 14 октября 1921 года отмечалось: «В течение своей деятельности на высокоответственной должности начальника Оперативного управления Полевого штаба РВС Республики т. Шапошников являлся непосредственным активным сотрудником всей оперативной работы во всех ее подробностях… Занимая указанную должность, т. Шапошников с присущей ему инициативой… работал с полным самоотвержением и днем и ночью».
В годы Гражданской войны Борис Михайлович не только сложился в крупного оперативного штабного работника, но и показал себя талантливым военным теоретиком и публицистом. Он находил время для обобщения опыта войны, регулярно выступал в военной печати. Им были написаны интересные работы о боевой подготовке войск, о действиях стратегической конницы, обзоры боевых действий в кампаниях 1919–1920 «годов. Он принимал активное участие в разработке отчета о боевых действиях Красной Армии в 1919–1920 годах, который явился, по существу, первым стратегическим очерком завершающего периода Гражданской войны.
Обобщение и осмысливание боевого опыта в первые годы после окончания Гражданской войны было основной темой его выступлений в печати. В 1919–1921 годах он публикует серию очерков о боевых действиях конницы в Первой мировой войне, а в 1923 году издает книгу «Конница».
