Верховный главнокомандующий И. В. Сталин лично утверждал распределение гвардейских минометных частей по фронтам, планы производства боевых машин и боеприпасов, а также план формирования новых полков. Поэтому деятельность штаба командующего ГМЧ и Главного управления вооружения была очень напряженной. Командующий и члены военного совета должны были в любое время суток иметь исчерпывающие сведения по всем вопросам. В штабе, управлении и отделах было установлено непрерывное дежурство. Место нахождения каждого работника всегда было точно известно оперативному дежурному.
29 апреля 1943 года решением Государственного Комитета Обороны гвардейские минометные части были переданы в оперативное подчинение командующему артиллерией Красной армии маршалу артиллерии Н. Н. Воронову. Обособленность управления и снабжения была сохранена, так как центральные органы управления гвардейских минометных частей успешно справлялись со своими задачами. Решение Государственного Комитета Обороны способствовало более тесному взаимодействию гвардейских минометных частей с артиллерийскими и, одновременно, обязывало командующих артиллерией фронтов и армий изучать особенности боевого применения, знать их состояние. Такие организационные мероприятия постепенно подготавливали необходимые условия для объединения ГМЧ с артиллерией. Командующим гвардейскими минометными частями Красной армии был назначен генерал-майор артиллерии (с 28 сентября 1943 года — генерал-лейтенант артиллерии) П. А. Дегтярев, его заместителем генерал-майор артиллерии П. Н. Кулешов, членом военного совета — генерал-майор артиллерии Л. М. Гайдуков. Они возглавляли ГМЧ до конца войны.
В сентябре 1941 года постановлением Государственного Комитета Обороны были созданы оперативные группы гвардейских минометных частей фронтов. Первые оперативные группы были созданы на Северо-Западном, Юго-Западном, Южном, Брянском и Ленинградском фронтах (последняя в октябре 1941 года была переименована в опергруппу Западного фронта). На командование этих групп возлагалось руководство боевой деятельностью всех гвардейских минометных частей, находившихся в распоряжении фронта, а также обеспечение их боеприпасами, вооружением, организация ремонта боевых и транспортных машин. Начальники оперативных групп подчинялись непосредственно командующим фронтами, в распоряжении которых они находились, одновременно тесно взаимодействуя с командующими артиллерией.
