Серьезной проблемой стал вопрос банно-прачечного обеспечения гарнизона. Если в теплое время эта проблема решалась просто (мылись и стирали белье в реке), то с наступлением холодов возникала угроза антисанитарии. Поэтому по настоятельному и неоднократному ходатайству командования полигона директивой начальника тыла Вооруженных сил к полигону был прикомандирован банно-прачечный поезд с инициативным и очень деятельным начальником подполковником Колодяжным. Поезд проделал исключительно большую и полезную работу. В этом была заслуга и начальника тыла полигона В. А. Лебедева.
Чрезвычайно остро стоял вопрос обеспечения хлебом. Эта задача решалась вначале начальником тыла строительного управления полковником Андреем Александровичем Ткаленко, который быстро организовал полевую хлебопекарню. Суточная потребность в хлебе составляла 15–18 тонн.
С наступлением весны условия работы стали легче, но в конце мая и в июне начались новые трудности — жара, пыль. Жара вызывала большую потребность в воде. Кипяченой водой не успевали обеспечивать, поэтому большинство воинов и рабочих пили сырую воду, что приводило к желудочным заболеваниям. Для обеспечения водой гарнизонов и всего строительства, в том числе и работы бетонного завода, работало круглосуточно несколько десятков водовозов.
Отсутствие даже минимальных санитарных условий вызвало вспышку дизентерии. Эта беда усугублялась тем, что отсутствовал больничный стационар. Полевой госпиталь, организованный в палатках в двух километрах от городка, имел очень неприглядный вид. В палатках от нещадного солнца температура поднималась до сорока и более градусов. В дополнение к этому — рои мух.
На борьбу с дизентерией были мобилизованы все врачебные силы полигона, из Москвы на полигон было прикомандировано около двадцати врачей-специалистов и срочно доставлялись необходимые медикаменты. Принятые срочные меры помогли пресечь дальнейшее распространение заболевания.
Большую опасность для личного состава гарнизона представляло то, что район полигона с санитарной точки зрения характеризовался как район с природными очагами чумы. В этих районах (Аральском и Кармакчинском) имелись очаги природной чумы, носителями которой являются грызуны: суслики, песчанки, мыши и даже зайцы. Поэтому одной из первоочередных задач на полигоне было срочное формирование противочумных отрядов и проведение широких мероприятий по уничтожению грызунов.
Вначале грызуны уничтожались на территории всех строящихся объектов и в местах размещения личного состава. Затем, согласно разработанному плану, зона уничтожения грызунов расширялась. В первую очередь ликвидировались очаги поселений песчанок и сусликов. Для этой цели каждая часть, каждое подразделение получали определенный район, который они обязаны были обработать в определенные сроки. Эти мероприятия предотвратили возможную вспышку чумы. Однако в 1955 году, в августе, был случай заболевания чумой нескольких человек гражданского населения в Аральском районе, поэтому наложили карантин на Аральский и Кармакчинский районы. В период карантина пассажирские поезда на станциях и разъездах от Аральска до станции Джусалы не останавливались или если останавливались, то пассажирам не разрешалось выходить.
