Полигон подчинялся отнюдь не председателю Госкомитета по оборонной технике и тем более не С. П. Королеву. Нестеренко как начальник полигона находился в непосредственном подчинении заместителя министра обороны Главного маршала артиллерии М. И. Неделина. Армия строителей, создающая в этой пустыне самый большой в мире научно-испытательный ракетный центр, подчинялась другому заместителю министра обороны. Поэтому начальник строительства полигона формально не подчинялся начальнику полигона. Для контроля за полетом ракет почти на всей территории страны необходима четкая и надежная работа связи. За создание системы связи на полигоне и за его пределами отвечал начальник войск связи Советской армии — тоже заместитель министра обороны. Чтобы начал, наконец, работать аэропорт на самом полигоне, надо было обращаться еще к одному заместителю министра обороны — главнокомандующему Военно-воздушными силами.
Доставлять ракетные блоки, компоненты топлива для заправки, тысячи тонн грузов для строительства и жизнедеятельности все увеличивающегося числа площадок, а также привозить людей за 20 километров ежедневно на работу из города — с площадки № 10 — можно было только по железной дороге. За строительство железнодорожных путей от станции Тюра-Там по многим новым направлениям несли ответственность Министерство путей сообщения и железнодорожные войска Министерства обороны. Электроэнергией полигон должно было обеспечить Казахэнерго. Для этого необходимо было установить опоры и проложить на сотни километров высоковольтные линии электропередач. А пока их не было, электроэнергией стройку обеспечивали специальные энергопоезда.
Алексей Иванович осуществлял связь с Генштабом и аппаратом Министерства обороны, решал организационно-штатные вопросы, занимался проблемами перспективного развития Байконура, проявляя недюжинные способности хозяйственника. Он предвидел и устранял многие сложности, вызванные недостатками проекта, вникая до мелочей во все вопросы планирования, строительства, быта, обеспечения и культуры.
По программе подготовки полигона к началу летных испытаний должны были быть построены следующие основные объекты: стартовая позиция, МИК со всеми коммуникациями, железнодорожные пути, бетонные дороги, водопровод, система пожарных резервуаров, линии электропередач, центральный пункт связи и службы единого времени, приемно-передающие центры, монтажно-сборочный корпус ГЧ, три РУП (два базовых, удаленных от СП на расстояние 250 километров, и хвостовой, удаленный на расстояние 500 километров), девять измерительных пунктов в районе падения первых ступеней, ретрансляционный пункт в Иркутске, шесть измерительных пунктов на «Каме» с ПДРЦ, ПРЦ, аэродромами. На всех пунктах предусматривалось оборудование взлетно-посадочных площадок.
