Благолепное и тихое бытие нарушилось еще до русской смуты – когда на Афоне в 1912 году вспыхнула своя собственная смута. Все началось с книги схимонаха Илариона «На горах Кавказа», где автор описывал личный молитвенный опыт, обращая особое внимание на мистическое содержание Имени Божия. Идеи автора, впоследствии осужденные духовными властями как еретические, овладели некоторыми святогорцами. Распространение учения о. Илариона, не подозревавшего, впрочем, что он стал его основоположником, началось именно в Новой Фиваиде, где некогда спасался и сам автор книги. Легко представить, что у анахоретов, вообще склонных к мистике, положение о том, что в «молитвенно призываемом Имени Божием присутствует Сам Бог», нашло самый горячий отклик. Даже слишком горячий… Афонцы разделились, а по окончании смуты, когда имяславцы были удалены со Святой Горы, скит стал пустеть.
Началась Первая мировая война, а с ней – голод, и не только среди пустынников и скитников, но даже и монастырцев. Из оставшихся фиваидцев кто мог – переходил под более надежные крыши Пантелеимоновой обители, а кто нет – оставался в одиночестве в своих каливах.
В 1920-е годы курс греческого государства на эллинизацию Афона поставил препоны пополнению русского монашества. Стал увядать и сам Пантелеимонов монастырь, что говорить о его дальних филиалах?
Пантелеимоновцы унесли из Новой Фиваиды что сумели, а остальное вверили открытому небу. Один знакомый монах рассказывал, что в начале 1980-х годов, по благословению монастырского священноначалия, им была совершена последняя экспедиция в Новую Фиваиду – ради спасения остатков прежнего убранства. С тех пор иноки там не показывались.
До 2000 года.
В том году посетителей Афона облетела весть: на Новой Фиваиде вновь – насельники!
Их привел туда старец Рафаил, принявший постриг в Валаамском монастыре. По духовному складу он – пустынник и избегает больших обителей. Первые годы своей афонской жизни о. Рафаил спасался в небольшой пустыньке (Предтеченской) болгарского Зографского монастыря. Вокруг него, как всегда бывает с духоносными старцами, собрались ученики. В пустыньке стало тесновато, да и болело сердце о. Рафаила за брошенную Фиваиду.
После переговоров с различного рода афонскими инстанциями старец со учениками вселился в Фиваиду и принялся за ее восстановление. Положение новой братии еще не вполне определено: нужно благословение Константинопольского Патриарха, духовной главы Афона, да и добрая воля тех, кто полагает, что пустынничество – это нарушение святогорской дисциплины.
