Пруссия не участвовала в военных действиях, закончившихся поражением при Аустерлице. Наполеон и Талейран тогда пообещали пруссакам Ганновер (союзное Великобритании государство), захваченный французами сразу после разрыва Амьенского мира. Во время войны Пруссия колебалась, но все же решила предъявить Франции ультиматум. Она опоздала — армии России и Австрии были разгромлены, и Пруссии пришлось парафировать невыгодный и унизительный договор с Францией в декабре 1805 года. Пруссия получила Ганновер в обмен на территориальные уступки, брала обязательство принять любые экономические меры против Англии, какие только мог потребовать Наполеон, и отказывалась от всех дипломатических и политических союзов в обмен на исключительный договор с Францией. В дополнение к этому, король Пруссии должен был уволить своего первого министра, известного франкофоба.
Следом Наполеон стал настаивать на немедленном закрытии северогерманских портов и рек для британской торговли и на конфискации товаров англичан. Пруссия согласилась на унижение, и в феврале 1806 года король подписал договор.
После смерти Питта у Наполеона были новые надежды на мир с Великобританией, но переговоры не дали результата. Не получилось договориться и с Россией: предварительное соглашение было парафировано в Париже, но не ратифицировано царем.
В ходе переговоров с Великобританией Наполеон использовал недопустимый прием, еще более унизивший пруссаков: он предложил вновь передать Ганновер британской короне.
Пруссия переживала подлинное бедствие. Объявив свои морские порты закрытыми для англичан, она понесла колоссальные потери: британцы арестовали сотни прусских торговых судов в своих портах. Узнав о недостойном торге, который вел Наполеон, Пруссия окончательно разочаровалась в союзе с Францией и решила объявить ей войну.
Англичане немедленно забыли о вражде с Пруссией и предложили огромные субсидии за ее участие в войне против Франции. Коалиция четырех государств была оформлена в сентябре, а в начале октября Пруссия предъявила Франции ультиматум: немедленно очистить территорию Германии и отвести войска за Рейн.
Наполеон принял вызов: в приказе и в обращении к сенату было объявлено, что Франция вступает в войну с Пруссией. Он планировал уничтожить прусскую армию до подхода русских.
Великая армия начала движение по дорогам через Франконский лес, чтобы затем целиком развернуться по другую сторону гор. Исход войны был решен 14 октября 1806 года в двух связанных между собой сражениях. Прусско-саксонская армия занимала оборонительные позиции в районе Йены и Веймара. Главные силы пруссаков начали отход на Ауэрштедт, оставив у Йены один корпус. Наполеон атаковал этот корпус с основными силами своей армии и одержал уверенную победу. В это время французский корпус маршала Даву принял бой с прусской армией, при которой находились главнокомандующий герцог Брауншвейгский и августейшие супруги. Французы превзошли немцев и в тактике, и мужеством. Несмотря на огромное численное превосходство противника, солдаты Даву обратили прусские войска в паническое бегство. Герцог Брауншвейгский получил смертельное ранение в начале боя.
