Как и в романе-фельетоне «Фабрика Абсолюта», Чапек в качестве главного рычага действия избирает расщепление атома. Тема эта очень рано начала волновать искусство. Атомная бомба еще ждала часа своего рождения, и ученые только начинали задумываться над возможностью овладения атомным распадом, но Герберт Уэллс уже в 1913 году в романе «Освобожденный мир» описал первую всемирную атомную войну, завершившуюся крушением старой цивилизации. Затем Андрей Белый пророчествовал, что угрозой существованию человечества станет атомная бомба, и, наконец, Чапек в «Кракатите» рассмотрел научную проблему расщепления атома с, казалось бы, неожиданной стороны, как своего рода нравственное испытание для человечества, проверку его способности направить высвобождаемые научно-техническим прогрессом разрушительные силы природы во благо или зло людям.
Роман «Кракатит» также впервые выдвинул на обсуждение вопрос о моральной ответственности ученого за последствия его внешне чисто теоретической деятельности. Вопрос этот обрел особую остроту к середине нашего века, что подтвердило, например, нашумевшее дело Роберта Оппенгеймера, одного из создателей американской атомной бомбы, сброшенной на Хиросиму и Нагасаки, который начал выступать против использования научных открытий в бесчеловечных целях, за что подвергся политическим преследованиям. Неотделимость науки от морали Чапек уже в начале двадцатых годов расценивал как важнейший фактор, способный повлиять и на судьбы человечества.
Если многие эпизоды романа имеют гротескно-фантастичный или сказочный характер, то вполне реалистичным было описание гигантского комбината по производству вооружения и взрывчатых веществ в Балттине, страшной и опасной борьбы фабрикантов оружия за овладение изобретенным Прокопом сверхмощным атомным взрывчатым веществом, которое он назвал «кракатит» по имени гигантского вулкана Кракатау. Роман энергично доказывал, что захват агрессивными кругами буржуазии средств массового уничтожения может привести человечество к порогу глобальной катастрофы. Написанный в подчеркнуто современной, но ироничной манере, с резким перемещением пространственно-временных планов повествования, занимательной интригой, внутренними монологами, роман ставил главного героя перед жесткой дилеммой: выбрать ли ему неограниченную власть над миром и людьми или отречься от живших в нем подспудно честолюбивых мечтаний и отдать свой творческий гений на благо людям. Судьба постоянно ставила перед Прокопом различные возможности выбора.
